はじめに
世界の医療データは、病院、診療所、健康保険からの数十億件の記録という巨大な宝の山です。しかし、各システムは別個の形式で保存されています。病院 A の HIS (病院情報システム) は病院 B とは完全に異なり、ICD-10 疾患コードは SNOMED CT と一致せず、処方箋は国際有効成分ではなく商品名で保存されます。
OHDSI (Observational Health Data Sciences and Informatics — 「オデッセイ」と発音) は、この問題を解決するために作成されました。
1.OHDSIとは何ですか?
1.1 定義
OHDSI は、次のことを目的とした国際的なオープンソース研究プログラムです。
- 観察された健康データを共通のデータ モデルに標準化
- 信頼性が高く、再現可能な分析方法を開発
- 患者データを共有せずに多施設研究を 許可
1.2 歴史
2008: OMOP (Observational Medical Outcomes Partnership)
→ Dự án FDA nghiên cứu tác dụng phụ thuốc trên dữ liệu thực tế
→ Phát triển Common Data Model (CDM)
2013: OMOP kết thúc → OHDSI ra đời
→ Kế thừa OMOP CDM, mở rộng thành cộng đồng mã nguồn mở
→ Mục tiêu: evidence-based medicine trên quy mô toàn cầu
2024: 800+ tổ chức, 100+ quốc gia
→ 1+ tỷ bản ghi bệnh nhân được chuẩn hóa
→ Hàng nghìn nghiên cứu được publish
2026: OHDSI tiếp tục mở rộng
→ OMOP CDM v5.4, v6.0 đang phát triển
→ Tích hợp AI/ML, genomics, wearable data
1.3 OHDSI の 3 つの柱
┌─────────────────────────────────────────────────────────┐
│ OHDSI Mission │
│ │
│ ┌─────────────┐ ┌──────────────┐ ┌──────────────────┐ │
│ │ Open │ │ Open │ │ Open │ │
│ │ Science │ │ Source │ │ Community │ │
│ │ │ │ │ │ │ │
│ │ Transparent │ │ Free tools │ │ Collaborative │ │
│ │ Reproducible│ │ Peer-reviewed│ │ 800+ orgs │ │
│ │ Published │ │ GitHub │ │ Global network │ │
│ └─────────────┘ └──────────────┘ └──────────────────┘ │
└─────────────────────────────────────────────────────────┘
2. OHDSI 問題が解決されました
2.1 断片化 — データの断片化
Bệnh viện A (HIS: eHospital) Bệnh viện B (HIS: Telehealth)
┌─────────────────────────┐ ┌─────────────────────────┐
│ Patient: MA_BN_001 │ │ Patient: BN-2024-00123 │
│ Diagnosis: I10 (ICD-10) │ │ Diagnosis: 401.1 (ICD-9)│
│ Drug: Amlor 5mg │ │ Drug: Amlodipine 5mg │
│ Lab: Glucose: 126 mg/dL │ │ Lab: Đường huyết: 7.0 │
│ Date: 01/03/2024 │ │ Date: 2024-03-01 │
└─────────────────────────┘ └─────────────────────────┘
→ Cùng 1 bệnh nhân, cùng 1 bệnh (tăng huyết áp), cùng 1 thuốc
→ Nhưng KHÔNG THỂ truy vấn chung vì format khác nhau hoàn toàn
2.2 解決策: OMOP CDM
ETL (Extract - Transform - Load)
Bệnh viện A ─────┐ ┌──────────────────────┐
├─── Transform ───→ │ OMOP CDM Database │
Bệnh viện B ─────┘ │ │
│ person_id: 12345 │
│ condition: 320128 │
│ (Essential HTN) │
│ drug: 1332419 │
│ (Amlodipine 5mg) │
│ measurement: 3004410 │
│ (Glucose 126 mg/dL)│
└──────────────────────┘
→ Cùng concept IDs cho cùng ý nghĩa y khoa
→ Cùng cấu trúc bảng → cùng SQL query
→ Có thể phân tích đa trung tâm
3. OHDSI エコシステム アーキテクチャ
┌─────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ OHDSI Ecosystem │
│ │
│ ┌──── Data Standardization ─────────────────────────────────┐ │
│ │ │ │
│ │ [Athena] → Standardized Vocabularies │ │
│ │ [WhiteRabbit] → Scan source data │ │
│ │ [Rabbit-in-a-Hat] → Design ETL mapping │ │
│ │ [Usagi] → Map source codes → standard concepts │ │
│ │ │ │
│ └───────────────────────────────────────────────────────────┘ │
│ │ ETL │
│ ▼ │
│ ┌──── OMOP CDM Database ────────────────────────────────────┐ │
│ │ PostgreSQL / SQL Server / Oracle / Spark │ │
│ └───────────────────────────────────────────────────────────┘ │
│ │ │
│ ▼ │
│ ┌──── Data Quality ────────────────────────────────────────┐ │
│ │ [ACHILLES] → Data characterization │ │
│ │ [Data Quality Dashboard]→ 1,500+ quality checks │ │
│ └───────────────────────────────────────────────────────────┘ │
│ │ │
│ ▼ │
│ ┌──── Analytics Platform ──────────────────────────────────┐ │
│ │ [WebAPI] → REST API backend (Spring Boot / Java) │ │
│ │ [ATLAS] → Web UI (JavaScript) cho phân tích │ │
│ │ [HADES] → R packages cho advanced analytics │ │
│ └───────────────────────────────────────────────────────────┘ │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────┘
3.1 主なツール
| ツール | 目的 | 言語 |
|---|---|---|
| アテナ | 標準化された語彙を検索してダウンロード | ウェブアプリ |
| ホワイトラビット | ソース データをスキャンし、プロファイル レポートを作成 | ジャワ |
| 帽子をかぶったウサギ | ETL マッピング設計 (GUI) | ジャワ |
| うさぎ | ソース コードのマップ → OMOP の概念 | ジャワ |
| WebAPI | ATLAS 用バックエンド REST API | Java/スプリングブート |
| アトラス | Web ベースの分析プラットフォーム | JavaScript |
| アキレス | データの特性評価とプロファイリング | R |
| DQD | データ品質ダッシュボード — 1,500 以上のチェック | R |
| ハデス | 観察研究用の R パッケージ | R |
4. エンドツーエンドの OHDSI ワークフロー
Step 1: Vocabulary Preparation
Athena → Download vocabularies (ICD-10, SNOMED, RxNorm, LOINC...)
│
Step 2: Source Data Profiling
WhiteRabbit → Scan source database → Generate scan report
│
Step 3: ETL Design
Rabbit-in-a-Hat → Design table & field mappings
Usagi → Map source codes → Standard Concepts
│
Step 4: ETL Execution
Custom ETL scripts (Python/SQL) → Load data into OMOP CDM
│
Step 5: Data Quality
ACHILLES → Characterize CDM data
DQD → Run 1,500+ quality checks
│
Step 6: Analytics
WebAPI + ATLAS → Cohort Definitions, Characterization,
Incidence Rates, Estimation, Prediction
HADES → Advanced R-based analytics
│
Step 7: Network Study
Package study → Distribute to sites → Collect aggregate results
5. OHDSI ネットワーク — 分散型リサーチ
OHDSI の特徴: 患者データは決してサイト外に流出しません。
┌──────────────┐ ┌──────────────┐ ┌──────────────┐
│ Site A │ │ Site B │ │ Site C │
│ (500K pts) │ │ (1M pts) │ │ (200K pts) │
│ │ │ │ │ │
│ OMOP CDM │ │ OMOP CDM │ │ OMOP CDM │
│ WebAPI+ATLAS │ │ WebAPI+ATLAS │ │ WebAPI+ATLAS │
│ │ │ │ │ │
│ Run Study │ │ Run Study │ │ Run Study │
│ Package ───┐ │ │ Package ───┐ │ │ Package ───┐ │
└────────────│─┘ └────────────│─┘ └────────────│─┘
│ │ │
└───── Aggregate ───┴──── Results ───────┘
│
▼
┌─────────────────┐
│ Central Analysis│
│ (chỉ aggregate │
│ không có PII) │
└─────────────────┘
なぜ重要なのでしょうか?
- プライバシー規制（HIPAA、GDPR、ベトナム情報セキュリティ法）を遵守します。
- 各サイトはデータを完全に制御できます
- 数百万人の多国籍患者に関する研究はまだ可能です
6. 実用化
6.1 新型コロナウイルス感染症 (OHDSI 新型コロナウイルス感染症に関する勉強会)
Timeline:
- Tháng 3/2020: Đại dịch bùng phát
- Tháng 3/2020: OHDSI tổ chức Study-a-thon online
- 96 giờ: 300+ nhà nghiên cứu từ 30+ quốc gia
- Kết quả: Phân tích đặc điểm bệnh nhân COVID-19
trên 5+ triệu bệnh nhân từ nhiều quốc gia
→ Published trong PNAS (top-tier journal)
6.2 医薬品の安全性監視
- 実データ（RWD）での薬物副作用の検出
- 薬物グループと対照グループを比較します。
- 例: ワクチン接種後の心筋炎のリスク分析
6.3 ベトナムでの申請
- 病院の HIS データを OMOP CDM に標準化する
- ICD-10 ベトナム → SNOMED CT のマッピング
- 社会保険データに関する疫学調査
- 多施設治療計画の有効性を評価する
概要
| コンセプト | 説明 |
|---|---|
| OHDSI | 世界的なオープンソースの医学研究コミュニティ |
| OMOP CDM | 観察医療データの汎用データ モデル |
| 標準化された語彙 | 標準語彙セット (SNOMED、RxNorm、LOINC...) |
| 分散型リサーチ | データをサイト外に流出させない多施設解析 |
| ETL | ソースデータ変換プロセス → OMOP CDM |
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