はじめに
Clinical Data グループの最後の 3 つのテーブル: DEATH は死亡イベントを記録し、EPISODE (CDM 5.4 の新機能) は長期的な臨床/治療の進行を記録し、EPISODE_EVENT はエピソード内のイベントをリンクします。 EPISODE は CDM 5.4 への最も注目すべき追加であり、特にがん研究にとって重要です。
1. DEATH — 死亡記録
＃＃＃１．１．テーブル構造
| コラム | タイプ | 必須 | 説明 |
|---|---|---|---|
person_id | 整数 | ✅ PK/FK | 患者 (1 レコード/患者) |
death_date | 日付 | ✅ | 死亡日 |
death_datetime | 日時 | 死亡日時 | |
death_type_concept_id | 整数 | ✅ | データソース |
cause_concept_id | 整数 | 死因 (SNOMED) | |
cause_source_value | VARCHAR(50) | オリジナル ICD | |
cause_source_concept_id | 整数 | オリジナルコンセプト |
＃＃＃１．２．重要な特徴
- 1 人あたり 1 つの固有のレコード — 複数の情報源がある場合は、最も信頼できるものを選択してください
- person_id は PK と FK の両方です → 独自の death_id はありません
- cause_concept_id: 主な原因に SNOMED を使用します
＃＃＃１．３． death_type_concept_id
| コンセプトID | 出典 | 説明 |
|---|---|---|
| 32817 | EHR | HIS からの記録 |
| 32810 | クレーム | 社会保険データ |
| 32885 | 死亡証明書 | 死亡証明書 |
| 32886 | 全国死亡指数 | 国民登録簿 |
＃＃＃１．４．たとえば
-- BN tử vong do nhồi máu cơ tim cấp
INSERT INTO death (
person_id, death_date,
death_type_concept_id,
cause_concept_id,
cause_source_value,
cause_source_concept_id
) VALUES (
100001, '2024-06-20',
32885, -- Death certificate
4329847, -- SNOMED: AMI
'I21.9', -- ICD-10
45572161 -- ICD10CM concept
);
＃＃＃１．５。 SQL分析
-- Top 10 nguyên nhân tử vong
SELECT
c.concept_name AS cause_of_death,
COUNT(*) AS death_count,
ROUND(COUNT(*) * 100.0 / SUM(COUNT(*)) OVER(), 1) AS pct
FROM death d
JOIN concept c ON d.cause_concept_id = c.concept_id
WHERE d.cause_concept_id != 0
GROUP BY c.concept_name
ORDER BY death_count DESC
LIMIT 10;
-- Tỉ lệ tử vong sau nhập viện ICU
SELECT
ROUND(
COUNT(DISTINCT d.person_id) * 100.0 /
NULLIF(COUNT(DISTINCT v.person_id), 0), 1
) AS mortality_rate_pct
FROM visit_occurrence v
LEFT JOIN death d ON v.person_id = d.person_id
AND d.death_date BETWEEN v.visit_start_date
AND v.visit_start_date + INTERVAL '30 days'
WHERE v.visit_concept_id = 32037; -- ICU visit
2. エピソード — 病理学的プロセス (新しい CDM 5.4)
＃＃＃２．１．なぜエピソードが必要なのでしょうか?
CDM 5.4 より前は、「がん治療プロセス」を表現する方法がありませんでした。イベント (診断、化学療法、放射線療法、手術) は複数のテーブルに分散していました。 EPISODE はそれらをひとつの「物語」にまとめます。
Trước CDM 5.4:
CONDITION: Ung thư phổi ─────────── (rời rạc)
PROCEDURE: Sinh thiết phổi ────────── (rời rạc)
DRUG: Cisplatin cycle 1 ──────── (rời rạc)
DRUG: Cisplatin cycle 2 ──────── (rời rạc)
PROCEDURE: Phẫu thuật cắt thùy phổi ─ (rời rạc)
Sau CDM 5.4:
EPISODE: "Điều trị ung thư phổi giai đoạn 3"
│
├── EPISODE_EVENT → CONDITION (chẩn đoán)
├── EPISODE_EVENT → PROCEDURE (sinh thiết)
├── EPISODE_EVENT → DRUG (hóa trị cycle 1)
├── EPISODE_EVENT → DRUG (hóa trị cycle 2)
└── EPISODE_EVENT → PROCEDURE (phẫu thuật)
＃＃＃２．２． EPISODE テーブルの構造
| コラム | タイプ | 必須 | 説明 |
|---|---|---|---|
episode_id | ビッグINT | ✅PK | 固有の ID |
person_id | 整数 | ✅FK | 患者 |
episode_concept_id | 整数 | ✅ | エピソードの種類 |
episode_start_date | 日付 | ✅ | 開始日 |
episode_start_datetime | 日時 | ||
episode_end_date | 日付 | 終了日 | |
episode_end_datetime | 日時 | ||
episode_parent_id | ビッグINT | エピソードの親 (階層) | |
episode_number | 整数 | シリアル番号 | |
episode_object_concept_id | 整数 | ✅ | エピソード オブジェクト |
episode_type_concept_id | 整数 | ✅ | データソース |
episode_source_value | VARCHAR(50) | 元のコード | |
episode_source_concept_id | 整数 |
＃＃＃２．３． Episode_concept_id — エピソード タイプ
| コンセプトID | エピソードの種類 | 例 |
|---|---|---|
| 32528 | 病気の最初の発生 | 初めての肺がん |
| 32529 | 病気の再発 | がん再発 |
| 32531 | 治療計画 | シスプラチン-エトポシド療法 |
| 32532 | 治療サイクル | サイクル 1、サイクル 2... |
＃＃＃２．４．例: 肺がんの治療
-- Episode cha: Bệnh ung thư phổi
INSERT INTO episode (
episode_id, person_id,
episode_concept_id,
episode_start_date, episode_end_date,
episode_parent_id,
episode_object_concept_id,
episode_type_concept_id
) VALUES (
200001, 100001,
32528, -- Disease first occurrence
'2024-01-15', NULL, -- Chưa kết thúc
NULL, -- Không có cha
4311499, -- SNOMED: Lung cancer
32817 -- EHR
);
-- Episode con: Phác đồ hóa trị
INSERT INTO episode (
episode_id, person_id,
episode_concept_id,
episode_start_date, episode_end_date,
episode_parent_id,
episode_number,
episode_object_concept_id,
episode_type_concept_id
) VALUES (
200002, 100001,
32531, -- Treatment regimen
'2024-02-01', '2024-06-30',
200001, -- Thuộc episode ung thư phổi
1,
35804410, -- Cisplatin regimen
32817
);
-- Episode con: Cycle 1
INSERT INTO episode (
episode_id, person_id,
episode_concept_id,
episode_start_date, episode_end_date,
episode_parent_id,
episode_number,
episode_object_concept_id,
episode_type_concept_id
) VALUES (
200003, 100001,
32532, -- Treatment cycle
'2024-02-01', '2024-02-21',
200002, -- Thuộc phác đồ
1, -- Cycle 1
35804410,
32817
);
3. EPISODE_EVENT — イベントバインディング
＃＃＃３．１．テーブル構造
| コラム | タイプ | 必須 | 説明 |
|---|---|---|---|
episode_id | ビッグINT | ✅FK | エピソード |
event_id | ビッグINT | ✅ | イベントID |
episode_event_field_concept_id | 整数 | ✅ | イベントを含むテーブル |
＃＃＃３．２．エピソード_イベント_フィールド_コンセプト_id
| コンセプトID | イベントテーブル |
|---|---|
| 1147127 | 条件発生.条件発生_id |
| 1147094 | 薬物暴露.薬物暴露_id |
| 1147082 | 手続き_発生.手続き_発生_id |
| 1147138 | 測定.測定ID |
| 1147165 | デバイス_露出.デバイス_露出_id |
＃＃＃３．３．例: イベントをサイクル 1 にアタッチします。
-- Chẩn đoán ung thư → Episode chẩn đoán
INSERT INTO episode_event VALUES (
200001, -- Episode: lung cancer
70010, -- condition_occurrence_id
1147127 -- condition_occurrence table
);
-- Hóa trị Cisplatin → Episode Cycle 1
INSERT INTO episode_event VALUES (
200003, -- Episode: Cycle 1
80010, -- drug_exposure_id (Cisplatin)
1147094 -- drug_exposure table
);
-- XN máu trước hóa trị → Episode Cycle 1
INSERT INTO episode_event VALUES (
200003,
110020, -- measurement_id (CBC)
1147138 -- measurement table
);
4. EPISODEの研究への応用
-- Tìm BN ung thư phổi có >= 4 cycle hóa trị
SELECT
e_disease.person_id,
c_disease.concept_name AS cancer_type,
COUNT(e_cycle.episode_id) AS total_cycles
FROM episode e_disease
JOIN concept c_disease
ON e_disease.episode_object_concept_id = c_disease.concept_id
JOIN episode e_regimen
ON e_disease.episode_id = e_regimen.episode_parent_id
AND e_regimen.episode_concept_id = 32531 -- Treatment regimen
JOIN episode e_cycle
ON e_regimen.episode_id = e_cycle.episode_parent_id
AND e_cycle.episode_concept_id = 32532 -- Treatment cycle
WHERE e_disease.episode_concept_id = 32528 -- First occurrence
AND c_disease.concept_id = 4311499 -- Lung cancer
GROUP BY e_disease.person_id, c_disease.concept_name
HAVING COUNT(e_cycle.episode_id) >= 4;
-- Timeline điều trị 1 BN
SELECT
e.episode_number,
ec.concept_name AS episode_type,
e.episode_start_date,
e.episode_end_date,
oc.concept_name AS episode_object
FROM episode e
JOIN concept ec ON e.episode_concept_id = ec.concept_id
JOIN concept oc ON e.episode_object_concept_id = oc.concept_id
WHERE e.person_id = 100001
ORDER BY e.episode_start_date, e.episode_number;
概要
- 死亡: 1 人の記録、SNOMED を使用した死因
- エピソード (新しい CDM 5.4): 病理/治療プロセス、親子階層のサポート
- EPISODE_EVENT: 複数のテーブルのイベントをエピソードにリンクします
- EPISODE は主に 腫瘍学 向けに設計されていますが、すべての慢性疾患にも適用できます
- 構造: 疾患 → 治療レジメン → 治療サイクル → イベント
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