はじめに
語彙セクションの最後の記事では、テーブル DRUG_STRENGTH (RxNorm から抽出された投与量情報) について説明し、標準化語彙グループの 12 のテーブルすべてをまとめています。この記事を読み終えると、OMOP 辞書システムの全体像がわかるようになります。
1. DRUG_STRENGTH — 薬剤の投与量
＃＃＃１．１．テーブル構造
| コラム | タイプ | 説明 |
|---|---|---|
drug_concept_id | 整数 | FK → CONCEPT（ドラッグ） |
ingredient_concept_id | 整数 | FK → CONCEPT（有効成分） |
amount_value | フロート | 内容物（錠剤、カプセル） |
amount_unit_concept_id | 整数 | 単位 (mg、g、IU) |
numerator_value | フロート | 分子 (解) |
numerator_unit_concept_id | 整数 | 単位分子 |
denominator_value | フロート | 型番 |
denominator_unit_concept_id | 整数 | 単位分母 |
box_size | 整数 | 1 箱あたりの錠剤数 |
valid_start_date | 日付 | |
valid_end_date | 日付 | |
invalid_reason | VARCHAR(1) |
＃＃＃１．２． 2種類の線量表現
タイプ 1: 固体 (錠剤、カプセル) → amount_value
-- Metformin 500mg Oral Tablet
SELECT
c_drug.concept_name AS drug_name,
c_ing.concept_name AS ingredient,
ds.amount_value,
c_unit.concept_name AS unit
FROM drug_strength ds
JOIN concept c_drug ON ds.drug_concept_id = c_drug.concept_id
JOIN concept c_ing ON ds.ingredient_concept_id = c_ing.concept_id
LEFT JOIN concept c_unit ON ds.amount_unit_concept_id = c_unit.concept_id
WHERE ds.drug_concept_id = 1503328;
-- Kết quả: Metformin | 500 | milligram
タイプ 2: 液体 (溶液、注射) → 分子/分母
-- Amoxicillin 250mg/5mL Oral Suspension
SELECT
c_drug.concept_name,
ds.numerator_value,
c_num.concept_name AS num_unit,
ds.denominator_value,
c_den.concept_name AS den_unit
FROM drug_strength ds
JOIN concept c_drug ON ds.drug_concept_id = c_drug.concept_id
LEFT JOIN concept c_num ON ds.numerator_unit_concept_id = c_num.concept_id
LEFT JOIN concept c_den ON ds.denominator_unit_concept_id = c_den.concept_id
WHERE ds.drug_concept_id = 19077795;
-- Kết quả: 250 mg / 5 mL
＃＃＃１．３．アプリケーション: 実際の線量を計算する
-- Tính tổng mg Metformin BN đã dùng
SELECT
de.person_id,
SUM(
de.quantity *
COALESCE(ds.amount_value, ds.numerator_value)
) AS total_mg,
SUM(de.days_supply) AS total_days
FROM drug_exposure de
JOIN drug_strength ds
ON de.drug_concept_id = ds.drug_concept_id
WHERE ds.ingredient_concept_id = 1503297 -- Metformin ingredient
AND de.person_id = 100001
GROUP BY de.person_id;
＃＃＃１．４．有効成分のすべての配合を検索する
-- Tất cả dạng bào chế chứa Metformin
SELECT DISTINCT
c_drug.concept_id,
c_drug.concept_name,
c_drug.concept_class_id,
ds.amount_value,
c_unit.concept_name AS unit
FROM drug_strength ds
JOIN concept c_drug ON ds.drug_concept_id = c_drug.concept_id
JOIN concept c_unit ON ds.amount_unit_concept_id = c_unit.concept_id
WHERE ds.ingredient_concept_id = 1503297 -- Metformin
AND c_drug.standard_concept = 'S'
ORDER BY c_drug.concept_class_id, ds.amount_value;
2. 標準化された語彙の 12 の表の要約
| # | 表 | 記録 (~) | 役割 |
|---|---|---|---|
| 1 | コンセプト | ～10M | すべての医療概念の辞書 |
| 2 | 語彙 | ~70 | 語彙ソースリスト |
| 3 | ドメイン | ~50 | ドメインのリスト (状態、薬物...) |
| 4 | コンセプトクラス | ~400 | 語彙による分類 |
| 5 | コンセプト_リレーションシップ | ~60M | 概念間の関係 |
| 6 | 関係 | ~600 | 関係タイプの定義 |
| 7 | CONCEPT_SYNONYM | ～10M | 同義名 |
| 8 | CONCEPT_ANCESTOR | ～80M | 事前に計算された階層 |
| 9 | ソース_TO_CONCEPT_MAP | カスタム | カスタムマッピング |
| 10 | DRUG_STRENGTH | ～1.5M | 薬物投与量 |
| 11 | COHORT_DEFINITION | カスタム | コホートの定義 |
| 12 | 属性_定義 | カスタム | 属性定義 (めったに使用されない) |
3. COHORT_DEFINITION
| コラム | タイプ | 説明 |
|---|---|---|
cohort_definition_id | 整数 | PK |
cohort_definition_name | VARCHAR(255) | コホート名 |
cohort_definition_description | クロブ | 詳細な説明 |
definition_type_concept_id | 整数 | 型の定義 |
cohort_definition_syntax | クロブ | JSON/SQL クエリがコホートを作成する |
subject_concept_id | 整数 | 件名 (通常 = 人) |
cohort_initiation_date | 日付 | 作成日 |
COHORT テーブル (派生要素内) と組み合わせて使用します — 詳細についてはレッスン 20 で説明します。
4. ER 図 — 語彙
┌──────────┐ ┌──────────────────┐
│ VOCABULARY│────→│ CONCEPT │←─── DOMAIN
└──────────┘ │ │←─── CONCEPT_CLASS
│ concept_id (PK) │
│ concept_name │
│ domain_id │
│ vocabulary_id │
│ concept_class_id │
│ standard_concept │
└─────────┬────────┘
│
┌──────────────┼──────────────┐
│ │ │
↓ ↓ ↓
┌────────────────┐ ┌──────────────┐ ┌──────────────┐
│CONCEPT_ │ │CONCEPT_ │ │CONCEPT_ │
│RELATIONSHIP │ │ANCESTOR │ │SYNONYM │
│ │ │ │ │ │
│concept_id_1 → │ │ancestor → │ │concept_id → │
│concept_id_2 → │ │descendant → │ │synonym_name │
│relationship_id │ │min_levels │ │language │
└────────────────┘ │max_levels │ └──────────────┘
│ └──────────────┘
↓
┌──────────────┐
│ RELATIONSHIP │ ┌──────────────┐
└──────────────┘ │DRUG_STRENGTH │
│ │
│drug_concept→ │
│ingredient → │
│amount_value │
│numerator │
│denominator │
└──────────────┘
┌─────────────────────┐
│SOURCE_TO_CONCEPT_MAP│ (custom mapping)
│source_code │
│target_concept_id → │
└─────────────────────┘
5. 語彙管理のベストプラクティス
＃＃＃５．１．語彙を更新する
1. Download từ athena.ohdsi.org (CPT4 cần license)
2. Load vào schema vocabulary riêng
3. Chạy script consistency check
4. KHÔNG tự modify bảng CONCEPT / CONCEPT_RELATIONSHIP
5. Dùng SOURCE_TO_CONCEPT_MAP cho mã tùy chỉnh
＃＃＃５．２．語彙の質をチェックする
-- Kiểm tra concepts hết hạn đang được dùng
SELECT
'condition_occurrence' AS source_table,
COUNT(*) AS invalid_concept_count
FROM condition_occurrence co
JOIN concept c ON co.condition_concept_id = c.concept_id
WHERE c.invalid_reason IS NOT NULL
UNION ALL
SELECT 'drug_exposure', COUNT(*)
FROM drug_exposure de
JOIN concept c ON de.drug_concept_id = c.concept_id
WHERE c.invalid_reason IS NOT NULL;
-- Kiểm tra mapping completeness
SELECT
c.vocabulary_id,
COUNT(*) AS total_concepts,
SUM(CASE WHEN cr.concept_id_2 IS NOT NULL THEN 1 ELSE 0 END) AS mapped,
ROUND(
SUM(CASE WHEN cr.concept_id_2 IS NOT NULL THEN 1 ELSE 0 END) * 100.0
/ COUNT(*), 1
) AS mapped_pct
FROM concept c
LEFT JOIN concept_relationship cr
ON c.concept_id = cr.concept_id_1
AND cr.relationship_id = 'Maps to'
AND cr.invalid_reason IS NULL
WHERE c.vocabulary_id IN ('ICD10CM', 'ICD10', 'CPT4')
AND c.invalid_reason IS NULL
GROUP BY c.vocabulary_id;
概要
- DRUG_STRENGTH: 固体 (量) および液体 (分子/分母) の投与量
- 12 の語彙テーブル は、約 1,000 万の医療概念の管理システムを構成します
- VN 内部コードの SOURCE_TO_CONCEPT_MAP → 標準コンセプト
- 語彙は自己修正ではなく、Athena からの定期的な更新が必要です
- DRUG_STRENGTH と DRUG_EXPOSURE を組み合わせて実際の線量を計算する
次の記事: パート 6 — LOCATION、CARE_SITE、PROVIDER、および Health System グループ。