簡介
詞彙部分的最後一篇文章介紹了表 DRUG_STRENGTH（從 RxNorm 中提取的劑量資訊），並總結了標準化詞彙組中的所有 12 個表。讀完本文後，您將對 OMOP 字典系統有完整的了解。
1. DRUG_STRENGTH — 藥物劑量
1.1。表結構
| 專欄 | 類型 | 說明 |
|---|---|---|
drug_concept_id | 整數 | FK → 概念（藥物） |
ingredient_concept_id | 整數 | FK → CONCEPT (active ingredient) |
amount_value | 浮動 | Content (tablets, capsules) |
amount_unit_concept_id | 整數 | 單位（毫克、克、國際單位） |
numerator_value | 浮動 | 分子（解） |
numerator_unit_concept_id | 整數 | 單位分子 |
denominator_value | 浮動 | 型號 |
denominator_unit_concept_id | 整數 | 單位分母 |
box_size | 整數 | 藥片數量/盒 |
valid_start_date | 日期 | |
valid_end_date | 日期 | |
invalid_reason | VARCHAR(1) | VARCHAR(1) |
1.2。 Two types of dose representation
類型 1：固體（片劑、膠囊）→ amount_value
-- Metformin 500mg Oral Tablet
SELECT
c_drug.concept_name AS drug_name,
c_ing.concept_name AS ingredient,
ds.amount_value,
c_unit.concept_name AS unit
FROM drug_strength ds
JOIN concept c_drug ON ds.drug_concept_id = c_drug.concept_id
JOIN concept c_ing ON ds.ingredient_concept_id = c_ing.concept_id
LEFT JOIN concept c_unit ON ds.amount_unit_concept_id = c_unit.concept_id
WHERE ds.drug_concept_id = 1503328;
-- Kết quả: Metformin | 500 | milligram
類型2：液體（溶液、注射液）→分子/分母
-- Amoxicillin 250mg/5mL Oral Suspension
SELECT
c_drug.concept_name,
ds.numerator_value,
c_num.concept_name AS num_unit,
ds.denominator_value,
c_den.concept_name AS den_unit
FROM drug_strength ds
JOIN concept c_drug ON ds.drug_concept_id = c_drug.concept_id
LEFT JOIN concept c_num ON ds.numerator_unit_concept_id = c_num.concept_id
LEFT JOIN concept c_den ON ds.denominator_unit_concept_id = c_den.concept_id
WHERE ds.drug_concept_id = 19077795;
-- Kết quả: 250 mg / 5 mL
1.3。 Application: Calculate actual dose
-- Tính tổng mg Metformin BN đã dùng
SELECT
de.person_id,
SUM(
de.quantity *
COALESCE(ds.amount_value, ds.numerator_value)
) AS total_mg,
SUM(de.days_supply) AS total_days
FROM drug_exposure de
JOIN drug_strength ds
ON de.drug_concept_id = ds.drug_concept_id
WHERE ds.ingredient_concept_id = 1503297 -- Metformin ingredient
AND de.person_id = 100001
GROUP BY de.person_id;
1.4。 Find all formulations of an active ingredient
-- Tất cả dạng bào chế chứa Metformin
SELECT DISTINCT
c_drug.concept_id,
c_drug.concept_name,
c_drug.concept_class_id,
ds.amount_value,
c_unit.concept_name AS unit
FROM drug_strength ds
JOIN concept c_drug ON ds.drug_concept_id = c_drug.concept_id
JOIN concept c_unit ON ds.amount_unit_concept_id = c_unit.concept_id
WHERE ds.ingredient_concept_id = 1503297 -- Metformin
AND c_drug.standard_concept = 'S'
ORDER BY c_drug.concept_class_id, ds.amount_value;
2.標準化詞彙12表匯總
| ＃ | 表 | 記錄(~) | 角色 |
|---|---|---|---|
| 1 | 概念 | 〜10M | Dictionary of all medical concepts |
| 2 | 字彙 | 〜70 | 字彙來源列表 |
| 3 | 域名 | 〜50 | 域列表（條件、藥物...） |
| 4 | 概念類別 | 〜400 | Classification in vocabulary |
| 5 | 概念_關係 | 〜60M | 概念之間的關係 |
| 6 | 關係 | 〜600 | 關係類型的定義 |
| 7 | 概念_同義詞 | 〜10M | 同義字名稱 |
| 8 | CONCEPT_ANCESTOR | ~80M | 預先計算的層次結構 |
| 9 | SOURCE_TO_CONCEPT_MAP | 自訂 | 自訂映射 |
| 10 | 10 藥物強度 | 約 150 萬 | 藥物劑量 |
| 11 | 11 群組定義 | 自訂 | 佇列的定義 |
| 12 | 12 ATTRIBUTE_DEFINITION | 自訂 | 屬性定義（很少使用） |
3.群組定義
| 專欄 | 類型 | 說明 |
|---|---|---|
cohort_definition_id | 整數 | PK |
cohort_definition_name | VARCHAR(255) | 群組名稱 |
cohort_definition_description | CLOB | 詳細說明 |
definition_type_concept_id | 整數 | 型別定義 |
cohort_definition_syntax | CLOB | JSON/SQL 查詢建立群組 |
subject_concept_id | 整數 | 主題（通常=人） |
cohort_initiation_date | 日期 | 建立日期 |
與 COHORT 表（在派生元素中）結合使用 - 第 20 課將詳細介紹。
4. ER 圖 — 詞彙
┌──────────┐ ┌──────────────────┐
│ VOCABULARY│────→│ CONCEPT │←─── DOMAIN
└──────────┘ │ │←─── CONCEPT_CLASS
│ concept_id (PK) │
│ concept_name │
│ domain_id │
│ vocabulary_id │
│ concept_class_id │
│ standard_concept │
└─────────┬────────┘
│
┌──────────────┼──────────────┐
│ │ │
↓ ↓ ↓
┌────────────────┐ ┌──────────────┐ ┌──────────────┐
│CONCEPT_ │ │CONCEPT_ │ │CONCEPT_ │
│RELATIONSHIP │ │ANCESTOR │ │SYNONYM │
│ │ │ │ │ │
│concept_id_1 → │ │ancestor → │ │concept_id → │
│concept_id_2 → │ │descendant → │ │synonym_name │
│relationship_id │ │min_levels │ │language │
└────────────────┘ │max_levels │ └──────────────┘
│ └──────────────┘
↓
┌──────────────┐
│ RELATIONSHIP │ ┌──────────────┐
└──────────────┘ │DRUG_STRENGTH │
│ │
│drug_concept→ │
│ingredient → │
│amount_value │
│numerator │
│denominator │
└──────────────┘
┌─────────────────────┐
│SOURCE_TO_CONCEPT_MAP│ (custom mapping)
│source_code │
│target_concept_id → │
└─────────────────────┘
5. 詞彙管理的最佳實踐
5.1。更新詞彙
1. Download từ athena.ohdsi.org (CPT4 cần license)
2. Load vào schema vocabulary riêng
3. Chạy script consistency check
4. KHÔNG tự modify bảng CONCEPT / CONCEPT_RELATIONSHIP
5. Dùng SOURCE_TO_CONCEPT_MAP cho mã tùy chỉnh
5.2。檢查詞彙質量
-- Kiểm tra concepts hết hạn đang được dùng
SELECT
'condition_occurrence' AS source_table,
COUNT(*) AS invalid_concept_count
FROM condition_occurrence co
JOIN concept c ON co.condition_concept_id = c.concept_id
WHERE c.invalid_reason IS NOT NULL
UNION ALL
SELECT 'drug_exposure', COUNT(*)
FROM drug_exposure de
JOIN concept c ON de.drug_concept_id = c.concept_id
WHERE c.invalid_reason IS NOT NULL;
-- Kiểm tra mapping completeness
SELECT
c.vocabulary_id,
COUNT(*) AS total_concepts,
SUM(CASE WHEN cr.concept_id_2 IS NOT NULL THEN 1 ELSE 0 END) AS mapped,
ROUND(
SUM(CASE WHEN cr.concept_id_2 IS NOT NULL THEN 1 ELSE 0 END) * 100.0
/ COUNT(*), 1
) AS mapped_pct
FROM concept c
LEFT JOIN concept_relationship cr
ON c.concept_id = cr.concept_id_1
AND cr.relationship_id = 'Maps to'
AND cr.invalid_reason IS NULL
WHERE c.vocabulary_id IN ('ICD10CM', 'ICD10', 'CPT4')
AND c.invalid_reason IS NULL
GROUP BY c.vocabulary_id;
總結
- DRUG_STRENGTH：固體（量）和液體（分子/分母）劑量
- 12個詞彙表構成約1000萬個醫學概念的管理系統
- SOURCE_TO_CONCEPT_MAP 用於 VN 內部代碼 → 標準概念
- 詞彙需要Athena定期更新，而不是自我修正
- DRUG_STRENGTH結合DRUG_EXPOSURE計算實際劑量
下一篇文章： 第 6 部分 — 地點、護理地點、提供者和衛生系統小組。