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第 12 課:設備曝光、樣本和註釋

三個額外的臨床表:用於醫療設備(支架、起搏器)的 DEVICE_EXPOSURE、用於樣本(血液、組織)的 SPECIMEN、用於臨床記錄和 NLP 處理的 NOTE 和 NOTE_NLP。

🏗️ 建築 — 第 12 課 設備曝光, 樣本和註釋 初學者的 OMOP CDM 5.4 — 從頭到尾了解 第 4 部分:擴展臨床表 亞洲開發網

簡介

本文介紹了三個額外的臨床表:DEVICE_EXPOSURE(植入式/患者安裝的醫療設備)、SPECIMEN(用於測試的樣本)和NOTE / NOTE_NLP(自由文本臨床註釋)。儘管不如條件/藥物/程序常見,但它們在研究中越來越重要。


1.DEVICE_EXPOSURE — 醫療設備

1.1。表結構

專欄類型必填說明
device_exposure_id整數✅ PK唯一ID
person_id整數✅ FK病人
device_concept_id整數✅標準理念
device_exposure_start_date日期✅開始日期
device_exposure_start_datetime日期時間
device_exposure_end_date日期到期/刪除日期
device_exposure_end_datetime日期時間
device_type_concept_id整數✅資料來源
unique_device_idVARCHAR(255)唯一裝置識別碼 (UDI)
production_idVARCHAR(255)⭐ 新CDM 5.4
quantity整數數量
provider_id整數氟克醫生
visit_occurrence_id整數氟克瀏覽
visit_detail_id整數氟克
device_source_valueVARCHAR(50)
device_source_concept_id整數
unit_concept_id整數⭐ 新CDM 5.4
unit_source_valueVARCHAR(50)⭐ 新CDM 5.4
unit_source_concept_id整數⭐ 新CDM 5.4

1.2。例如

設備概念範例
冠狀動脈支架4138390介入後支架置入
起搏器4051938心律調節器
氣管插管40972164097216手術期間插管
眼鏡41754404175440處方眼鏡
助聽器4023396助聽器等級
針灸針0東方醫學設備(尚未測繪)
-- Đặt stent mạch vành
INSERT INTO device_exposure (
    device_exposure_id, person_id, device_concept_id,
    device_exposure_start_date,
    device_type_concept_id,
    unique_device_id, quantity,
    provider_id, visit_occurrence_id,
    device_source_value
) VALUES (
    140001, 100001, 4138390,
    '2024-06-15',
    32817,
    '(01)00844588003288(17)141120(10)A213B1',
    2,                            -- 2 stent
    5001, 50001,
    'STENT_CORONARY'
);

1.3。 CDM 5.4 — 生產_id

5.4 中的新增內容: production_id 與 分開 unique_device_id,用於生產識別碼(序號、批號)。


2. 樣本 — 病人樣本

2.1。表結構

專欄類型必填說明
specimen_id整數✅ PK唯一ID
person_id整數✅ FK病人
specimen_concept_id整數✅樣本類型 (SNOMED)
specimen_type_concept_id整數✅資料來源
specimen_date日期✅取樣日期
specimen_datetime日期時間
quantity浮動樣品數
unit_concept_id整數單位(毫升、克...)
anatomic_site_concept_id整數取樣地點
disease_status_concept_id整數醫療狀況
specimen_source_idVARCHAR(50)原始條碼
specimen_source_valueVARCHAR(50)原型號
unit_source_valueVARCHAR(50)原單位
anatomic_site_source_valueVARCHAR(50)原址
disease_status_source_valueVARCHAR(50)原始狀態

2.2。熱門車款類型

樣本概念 ID樣本類型越南語
40456674045667血液樣本血液樣本
40485064048506尿液樣本尿液
4002890血清標本血清
42191664219166組織標本組織樣本
4045666痰標本大壩
42606404260640腦脊髓液腦脊髓液
4000626骨髓骨髓

2.3。樣本→測量鏈接

-- Mẫu máu lấy ngày 15/6
INSERT INTO specimen VALUES (
    150001, 100001, 4045667,      -- Blood specimen
    32817, '2024-06-15', NULL,
    5, 8587,                      -- 5 mL
    4236402,                      -- Antecubital vein
    NULL, 'BARCODE_123456',
    'MAU_MAU', 'mL', 'tinh_mach_khuu_tay', NULL
);

-- Xét nghiệm Glucose từ mẫu máu này
-- (liên kết qua person_id + measurement_date + logic ETL)

注意: SPECIMEN 在 CDM 5.4 中沒有直接到 MEASUREMENT 的 FK。連結通常透過 person_id + 日期或透過 FACT_RELATIONSHIP 進行。


3. 注意 — 臨床記錄

3.1。注意表結構

專欄類型必填說明
note_id整數✅ PK唯一ID
person_id整數✅ FK病人
note_date日期✅備註日期
note_datetime日期時間
note_type_concept_id整數✅註解類型
note_class_concept_id整數✅分類
note_titleVARCHAR(250)標題
note_textCLOB✅內容
encoding_concept_id整數✅編碼 (UTF-8)
language_concept_id整數✅語言
provider_id整數氟克醫生寫道
visit_occurrence_id整數氟克瀏覽
visit_detail_id整數氟克
note_source_valueVARCHAR(50)
note_event_id大智⭐ 清潔發展機制5.4
note_event_field_concept_id整數⭐ 清潔發展機制5.4

3.2。通用note_class_concept_id

概念 ID筆記類別越南語
4481463744814637出院總結出院總結
44814638急診科注意事項緊急注意事項
44814639住院須知登機須知
44814640門診須知門診須知
44814641病理報告病理結果
44814642放射學報告X 光/CT 結果
44814643手術筆記手術紀錄

3.3。例如

-- Tóm tắt xuất viện
INSERT INTO note (
    note_id, person_id, note_date,
    note_type_concept_id, note_class_concept_id,
    note_title, note_text,
    encoding_concept_id, language_concept_id,
    provider_id, visit_occurrence_id
) VALUES (
    160001, 100001, '2024-06-20',
    32817,                            -- EHR
    44814637,                         -- Discharge summary
    'TÓM TẮT XUẤT VIỆN',
    'Bệnh nhân nam, 55 tuổi, nhập viện vì đau ngực. '
    || 'Chẩn đoán: Nhồi máu cơ tim cấp. '
    || 'Đã can thiệp mạch vành, đặt 2 stent. '
    || 'Xuất viện ngày 20/06/2024 với đơn thuốc: '
    || 'Aspirin 81mg, Clopidogrel 75mg, Atorvastatin 40mg. '
    || 'Tái khám sau 1 tháng.',
    32678,                            -- UTF-8
    4181730,                          -- Vietnamese
    5001, 50001
);

4.NOTE_NLP-NLP處理結果

專欄類型必填說明
note_nlp_id大智✅ PK身分證
note_id整數✅ FK原文
section_concept_id整數部份(HPI、評估...)
snippetVARCHAR(250)摘錄文字
offsetVARCHAR(50)註解中的位置
lexical_variantVARCHAR(250)✅字根/片語
note_nlp_concept_id整數✅概念發現
note_nlp_source_concept_id整數
nlp_systemVARCHAR(250)名稱 NLP 工具
nlp_date日期✅NLP 跑步日
nlp_datetime日期時間
term_existsVARCHAR(1)VARCHAR(1)
term_temporalVARCHAR(50)過去/現在/未來
term_modifiersVARCHAR(2000)修飾語(否定、家族...)
-- NLP phát hiện "Nhồi máu cơ tim" từ tóm tắt xuất viện
INSERT INTO note_nlp (
    note_nlp_id, note_id,
    snippet, offset, lexical_variant,
    note_nlp_concept_id,
    nlp_system, nlp_date,
    term_exists, term_temporal
) VALUES (
    170001, 160001,
    'Chẩn đoán: Nhồi máu cơ tim cấp',
    '120-153',
    'nhồi máu cơ tim cấp',
    4329847,                          -- SNOMED: AMI
    'cTAKES-VN', '2024-07-01',
    'Y',                              -- Có (không phải negation)
    'Present'                         -- Hiện tại
);

5. 何時使用哪一個表格?

  Dữ liệu gốc
       │
       ├── Thiết bị gắn/cấy trên BN ──→ DEVICE_EXPOSURE
       │   (stent, pacemaker, kính)
       │
       ├── Mẫu bệnh phẩm ──────────→ SPECIMEN
       │   (máu, nước tiểu, mô)
       │
       ├── Văn bản tự do ───────────→ NOTE
       │   (tóm tắt xuất viện,
       │    biên bản phẫu thuật)
       │
       └── Kết quả NLP từ NOTE ─────→ NOTE_NLP
           (concepts phát hiện tự động)

總結

  1. DEVICE_EXPOSURE:植入/附著的醫療設備,使用UDI進行追踪
  2. 樣本:病人樣本,與測量間接相關
  3. 注意:自由文本臨床筆記,越南語支持
  4. NOTE_NLP:NLP分析結果,自動概念檢測
  5. 新增CDM 5.4 production_id (設備), note_event_id (註)

下一篇文章: DEATH、EPISODE 和 EPISODE_EVENT — 特別事件。


參考文獻