簡介
如果 OMOP CDM 是一棟房子，那麼 Concept 就是磚塊 — 一切都是由 Concept 建造的。理解這個概念是理解整個CDM 的關鍵。
本文將說明：什麼是概念？標準與源概念有何不同？如何在 Athena 上尋找 Concept？還有“聖三一” concept_id / source_value / source_concept_id 它是如何運作的？
1.什麼是概念？
1.1。定義
概念 = 獨特的醫學“概念”，由稱為 concept_id 的數字表示。
你在醫學中遇到的一切都有一個相應的概念：
| 醫療實體 | 概念 ID | 概念名稱 | 詞彙 |
|---|---|---|---|
| 女性 | 8532 | 女 | 性別 |
| 2 型糖尿病 | 201826 | 201826 2 型糖尿病 | 斯諾梅德 |
| 二甲雙胍 500 毫克錠 | 1503297 | 二甲雙胍 500 MG 口服錠 | RxNorm |
| HbA1c 檢驗 | 3004410 | 血液中糖化血紅素/血紅素總量 | 洛因克 |
| 百分比單位 | 8554 | 百分比 | UCUM |
| 門診檢查 | 9202 | 9202門診 | 訪問 |
| 資料來自電子病歷 | 32817 | 32817電子病歷 | 型概念 |
1.2。概念表
每個概念在表中保存為一行 CONCEPT：
SELECT *
FROM concept
WHERE concept_id = 201826;
| 專欄 | 價值 | 說明 |
|---|---|---|
concept_id | 201826 | 201826唯一ID |
concept_name | 2 型糖尿病 | 顯示名稱 |
domain_id | 條件 | 屬於哪個域 |
vocabulary_id | 斯諾梅德 | 哪個字彙單字 |
concept_class_id | 臨床結果 | 概念類型 |
standard_concept | S | S = 標準 |
concept_code | 44054006 | 詞彙表原碼 |
valid_start_date | 1970-01-01 | 生效開始日期 |
valid_end_date | 2099-12-31 | 有效期限 |
invalid_reason | 空 | 無效原因 |
2. 標準概念 vs 源概念 vs 分類
2.1。三種類型的概念
standard_concept column:
┌─────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ │
│ 'S' = STANDARD CONCEPT │
│ → Dùng trong *_concept_id columns │
│ → Là "đại diện chính thức" cho một khái niệm │
│ → VD: SNOMED 201826 "Type 2 diabetes mellitus" │
│ │
│ 'C' = CLASSIFICATION CONCEPT │
│ → Dùng để phân nhóm/phân cấp │
│ → KHÔNG dùng trực tiếp trong clinical tables │
│ → VD: SNOMED parent concepts │
│ │
│ NULL = NON-STANDARD (SOURCE) CONCEPT │
│ → Mã từ vocabulary gốc │
│ → Lưu trong *_source_concept_id columns │
│ → VD: ICD-10 E11 "Type 2 diabetes mellitus" │
│ │
└─────────────────────────────────────────────────────────────┘
2.2。具體範例：“2型糖尿病”
ICD-10-CM 'E11' SNOMED 44054006
┌──────────────────────┐ Maps to ┌──────────────────────────┐
│ concept_id = 443238 │ ──────────→ │ concept_id = 201826 │
│ standard_concept=NULL│ │ standard_concept = 'S' │
│ vocabulary=ICD10CM │ │ vocabulary = SNOMED │
│ (Source Concept) │ │ (Standard Concept) │
└──────────────────────┘ └──────────────────────────┘
Trong bảng CONDITION_OCCURRENCE:
┌────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ condition_concept_id = 201826 ← Standard (SNOMED) │
│ condition_source_value = 'E11' ← Text gốc từ HIS │
│ condition_source_concept_id = 443238 ← Source Concept (ICD-10) │
└────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
2.3。神聖的三位一體
大多數臨床表的每個概念欄位都有 3 列：
| 專欄 | 目的 | 價值 |
|---|---|---|
*_concept_id | 分析 — 標準概念 | 標準概念 ID (S) |
*_source_value | Trace — 原始文字值 | 原文（例如：「E11」、「格華止」） |
*_source_concept_id | 反向映射 — 原始概念 | 非標準概念ID |
┌── Dùng để phân tích (SELECT, GROUP BY, JOIN)
│
condition_concept_id = 201826 ← Standard SNOMED
├── Truy nguyên nguồn gốc
condition_source_value = 'E11' ← Text gốc HIS │
condition_source_concept_id = 443238 ← ICD-10 ───┘
3. 域－Concept 屬於哪個表？
3.1。主要領域
| 網域名稱 | 目的地表 | 範例 |
|---|---|---|
| 條件 | CONDITION_OCCURRENCE | 條件發生糖尿病、肺炎 |
| 藥品 | 藥物暴露 | 二甲雙胍、阿莫西林 |
| 程序 | PROCEDURE_OCCURRENCE | 過程發生內視鏡、手術 |
| 測量 | 測量 | HbA1c、血壓、BMI |
| 觀察 | 觀察 | 吸煙、家族史 |
| 設備 | 設備曝光 | 支架、心律調節器 |
| 標本 | 樣本 | 血液樣本、組織樣本 |
| 訪問 | 訪問發生次數 | 門診檢查、住院 |
| 性別 | 人物 | 男、女 |
| 比賽 | 人物 | 亞洲人、白人 |
| 類型概念 | 所有表格 | EHR、索賠、實驗室 |
| 單位 | 測量 | 毫克/分升、%、毫米汞柱 |
| 路線 | 藥物暴露 | 口服、靜脈注射、外用 |
3.2。為什麼域名很重要？
域決定記錄位於哪個表。以下是核心 ETL 規則：
Dữ liệu nguồn: "ICD-10: Z87.891 — History of nicotine dependence"
Bước 1: Tra cứu ICD-10 Z87.891 trên Athena
Bước 2: Tìm Standard Concept → maps to SNOMED concept
Bước 3: Standard Concept thuộc domain "Observation"
Bước 4: Lưu vào bảng OBSERVATION (không phải CONDITION!)
⚠️ Dù ICD-10 thường gắn với Condition domain,
nhưng "History of" map sang Observation domain
4. 詞彙——概念起源
4.1。重要詞彙
┌──────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ VOCABULARY CHÍNH TRONG OMOP CDM │
│ │
│ ┌─────────────┐ Conditions (diagnoses, symptoms) │
│ │ SNOMED CT │ → Standard vocabulary cho Condition domain │
│ └─────────────┘ │
│ │
│ ┌─────────────┐ Drugs (medications, vaccines) │
│ │ RxNorm │ → Standard vocabulary cho Drug domain │
│ └─────────────┘ │
│ │
│ ┌─────────────┐ Measurements (lab tests, vitals) │
│ │ LOINC │ → Standard vocabulary cho Measurement domain │
│ └─────────────┘ │
│ │
│ ┌─────────────┐ Procedures │
│ │ SNOMED CT │ → Standard vocabulary cho Procedure domain │
│ │ CPT4 │ → US-specific procedures │
│ └─────────────┘ │
│ │
│ SOURCE VOCABULARIES (Non-standard, cần mapping): │
│ ICD-10-CM/VN, ICD-9-CM, NDC, HCPCS, ATC, Read, MedDRA │
└──────────────────────────────────────────────────────────────────┘
4.2。標準詞彙與非標準詞彙
| 類型 | 範例 | 標準概念 | 用於專欄 |
|---|---|---|---|
| 標準 | SNOMED CT、RxNorm、LOINC | 'S' | *_concept_id |
| 非標 | ICD-10、NDC、ATC、MedDRA | 空 | *_source_concept_id |
| 分類 | SNOMED 層次結構節點 | 'C' | 用於分層查詢 |
4.3。測繪流程
HIS: "E11" (ICD-10)
│
│ Tra bảng CONCEPT_RELATIONSHIP
│ relationship_id = 'Maps to'
↓
Source Concept: 443238 (ICD-10 E11)
│
│ Maps to
↓
Standard Concept: 201826 (SNOMED Type 2 diabetes mellitus)
SQL 尋找映射：
-- Tìm Standard Concept từ ICD-10 code 'E11'
SELECT
c1.concept_id AS source_concept_id,
c1.concept_name AS source_name,
c1.vocabulary_id AS source_vocab,
c2.concept_id AS standard_concept_id,
c2.concept_name AS standard_name,
c2.vocabulary_id AS standard_vocab
FROM concept c1
JOIN concept_relationship cr
ON c1.concept_id = cr.concept_id_1
AND cr.relationship_id = 'Maps to'
JOIN concept c2
ON cr.concept_id_2 = c2.concept_id
AND c2.standard_concept = 'S'
WHERE c1.concept_code = 'E11'
AND c1.vocabulary_id = 'ICD10CM';
5.概念類別－詳細分類
每個概念都屬於一個 概念類，該類指示它屬於哪個層次的詞彙：
| 網域 | 概念課 | 範例 |
|---|---|---|
| 條件 | 臨床結果 | 2 型糖尿病 |
| 藥品 | 成分 | 二甲雙胍 |
| 藥品 | 臨床藥物 | 二甲雙胍 500 MG 口服錠劑 |
| 藥品 | 品牌藥 | Glucophage 500 MG 口服藥錠 |
| 測量 | 實驗室檢驗 | 糖化血紅素 |
| 測量 | 臨床觀察 | 體重 |
| 程序 | 程序 | 冠狀動脈繞道手術 |
| 觀察 | 情境相關 | 臨床發現的歷史 |
藥物概念課 — 特別重要
RxNorm 依等級組織藥物：
INGREDIENT (hoạt chất)
└── Metformin (concept_id = 1503297)
│
├── CLINICAL DRUG FORM
│ └── Metformin Oral Tablet
│ │
│ ├── CLINICAL DRUG (hoạt chất + liều + dạng)
│ │ └── Metformin 500 MG Oral Tablet
│ │ │
│ │ └── BRANDED DRUG (tên thương mại)
│ │ └── Glucophage 500 MG Oral Tablet
│ │
│ └── CLINICAL DRUG
│ └── Metformin 1000 MG Oral Tablet
│
└── CLINICAL DRUG FORM
└── Metformin Extended Release Oral Tablet
6. 在 Athena 上尋找 Concept
6.1。雅典娜是什麼？
雅典娜 (https://athena.ohdsi.org/）是一個免費的網路工具，用於查找標準化詞彙。
6.2。搜尋說明
第 1 步： 訪問 https://athena.ohdsi.org/ （需建立免費帳戶）
第 2 步： 輸入關鍵字，例如“糖尿病 2 型”
第 3 步： 過濾結果：
- 標準概念： 選擇「標準」僅查看標準概念
- 領域： 如果搜尋疾病，請選擇“條件”
- 詞彙： 選擇“SNOMED”或“ICD10CM”
第 4 步： 查看概念詳細資訊：
- 概念 ID、名稱、類別、領域、詞彙
- 關係選項卡：請參閱“映射到”、“是”、“有組件”
- 層次結構選項卡：請參閱父/子概念
6.3。流行的查找範例
Tìm bệnh tiểu đường type 2:
→ Search: "type 2 diabetes"
→ Filter: Domain=Condition, Standard=Standard
→ Kết quả: concept_id=201826, SNOMED "Type 2 diabetes mellitus"
Tìm thuốc Metformin:
→ Search: "metformin"
→ Filter: Domain=Drug, Concept Class=Ingredient
→ Kết quả: concept_id=1503297, RxNorm "metformin"
Tìm xét nghiệm HbA1c:
→ Search: "hemoglobin a1c"
→ Filter: Domain=Measurement, Standard=Standard
→ Kết quả: concept_id=3004410, LOINC "Hemoglobin A1c/Hemoglobin.total"
7.concept_id = 0 — 當無法映射時
當來源資料無法對應到標準概念時：
-- Một mã thuốc nội bộ bệnh viện không có trong RxNorm
drug_concept_id = 0 -- Không map được!
drug_source_value = 'THUOC_BV_001' -- Vẫn giữ mã gốc
drug_source_concept_id = 0 -- Cũng không có source concept
這是完全有效的。 ** OMOP CDM 允許這樣做 concept_id = 0，但目標是透過以下方式最小化**concept_id = 0 的記錄數量：
- 使用 SOURCE_TO_CONCEPT_MAP 進行自訂映射 2.使用Usagi工具進行半自動建圖
- 要求社群在詞彙表中加入新概念
8. 練習：讀取 CDM 記錄
對於以下記錄 CONDITION_OCCURRENCE：
condition_occurrence_id = 50001
person_id = 12345
condition_concept_id = 201826
condition_start_date = '2024-06-10'
condition_start_datetime = '2024-06-10 09:30:00'
condition_end_date = NULL
condition_end_datetime = NULL
condition_type_concept_id = 32817
condition_status_concept_id = 32902
provider_id = 5001
visit_occurrence_id = V001
condition_source_value = 'E11'
condition_source_concept_id = 443238
condition_status_source_value = 'admitting'
解碼：
| 學校 | 價值 | 意義 |
|---|---|---|
| 條件概念 ID = 201826 | SNOMED「2 型糖尿病」 | 標準診斷 |
| 條件類型概念 ID = 32817 | “電子病歷” | 來自 EMR 系統的資料 |
| 條件狀態概念 ID = 32902 | “初步診斷” | 初步診斷 |
| 條件來源值 = 'E11' | ICD-10-CM原碼 | 原始碼來自HIS |
| 條件源概念 ID = 443238 | “E11”的 ICD-10-CM 概念 | 原始概念 |
| 提供者 ID = 5001 | 診斷醫生 | 查找表提供者 |
| 訪問事件 ID = V001 | 門診 | 查找表 VISIT_OCCURRENCE |
總結
在本文中，您了解了：
- 概念=醫學概念，由唯一的concept_id表示
- 3種概念：標準（S）、分類（C）、來源（NULL）
- 三列：
*_concept_id/*_source_value/*_source_concept_id - Domain決定要記錄在哪個表中
- 詞彙：SNOMED（條件）、RxNorm（藥物）、LOINC（測量）
- 概念類別：詳細分類（成分與臨床藥物...）
- Athena：免費概念查找工具
- concept_id = 0：當地圖不可能時有效
下一篇文章： 我們將從探索第一個表格 — PERSON — 儲存病患人口統計資料的地方開始。