Giới thiệu
Nếu OMOP CDM là một ngôi nhà, thì Concept chính là viên gạch — mọi thứ đều được xây dựng từ Concept. Hiểu rõ Concept là chìa khóa để hiểu toàn bộ CDM.
Bài này sẽ giải thích: Concept là gì? Standard vs Source Concept khác nhau sao? Làm sao tra cứu Concept trên Athena? Và "bộ ba thần thánh" concept_id / source_value / source_concept_id hoạt động thế nào.
1. Concept là gì?
1.1. Định nghĩa
Concept = một "khái niệm" duy nhất trong y tế, được đại diện bởi một con số gọi là concept_id.
Mọi thứ bạn gặp trong y tế đều có Concept tương ứng:
| Thực thể y tế | concept_id | concept_name | Vocabulary |
|---|---|---|---|
| Nữ giới | 8532 | Female | Gender |
| Tiểu đường type 2 | 201826 | Type 2 diabetes mellitus | SNOMED |
| Metformin 500mg tablet | 1503297 | metformin 500 MG Oral Tablet | RxNorm |
| Xét nghiệm HbA1c | 3004410 | Hemoglobin A1c/Hemoglobin.total in Blood | LOINC |
| Đơn vị phần trăm | 8554 | percent | UCUM |
| Khám ngoại trú | 9202 | Outpatient Visit | Visit |
| Dữ liệu từ EHR | 32817 | EHR | Type Concept |
1.2. Bảng CONCEPT
Mỗi Concept được lưu như một dòng trong bảng CONCEPT:
SELECT *
FROM concept
WHERE concept_id = 201826;
| Cột | Giá trị | Mô tả |
|---|---|---|
concept_id | 201826 | ID duy nhất |
concept_name | Type 2 diabetes mellitus | Tên hiển thị |
domain_id | Condition | Thuộc domain nào |
vocabulary_id | SNOMED | Từ vocabulary nào |
concept_class_id | Clinical Finding | Loại concept |
standard_concept | S | S = Standard |
concept_code | 44054006 | Mã gốc trong vocabulary |
valid_start_date | 1970-01-01 | Ngày bắt đầu có hiệu lực |
valid_end_date | 2099-12-31 | Ngày hết hạn |
invalid_reason | NULL | Lý do không hợp lệ |
2. Standard Concept vs Source Concept vs Classification
2.1. Ba loại Concept
standard_concept column:
┌─────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ │
│ 'S' = STANDARD CONCEPT │
│ → Dùng trong *_concept_id columns │
│ → Là "đại diện chính thức" cho một khái niệm │
│ → VD: SNOMED 201826 "Type 2 diabetes mellitus" │
│ │
│ 'C' = CLASSIFICATION CONCEPT │
│ → Dùng để phân nhóm/phân cấp │
│ → KHÔNG dùng trực tiếp trong clinical tables │
│ → VD: SNOMED parent concepts │
│ │
│ NULL = NON-STANDARD (SOURCE) CONCEPT │
│ → Mã từ vocabulary gốc │
│ → Lưu trong *_source_concept_id columns │
│ → VD: ICD-10 E11 "Type 2 diabetes mellitus" │
│ │
└─────────────────────────────────────────────────────────────┘
2.2. Ví dụ cụ thể: "Tiểu đường type 2"
ICD-10-CM 'E11' SNOMED 44054006
┌──────────────────────┐ Maps to ┌──────────────────────────┐
│ concept_id = 443238 │ ──────────→ │ concept_id = 201826 │
│ standard_concept=NULL│ │ standard_concept = 'S' │
│ vocabulary=ICD10CM │ │ vocabulary = SNOMED │
│ (Source Concept) │ │ (Standard Concept) │
└──────────────────────┘ └──────────────────────────┘
Trong bảng CONDITION_OCCURRENCE:
┌────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ condition_concept_id = 201826 ← Standard (SNOMED) │
│ condition_source_value = 'E11' ← Text gốc từ HIS │
│ condition_source_concept_id = 443238 ← Source Concept (ICD-10) │
└────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
2.3. Bộ ba thần thánh
Hầu hết bảng clinical có 3 cột cho mỗi trường concept:
| Cột | Mục đích | Giá trị |
|---|---|---|
*_concept_id | Phân tích — concept chuẩn | Standard Concept ID (S) |
*_source_value | Truy vết — giá trị gốc dạng text | Text gốc (VD: "E11", "Glucophage") |
*_source_concept_id | Mapping ngược — concept gốc | Non-standard Concept ID |
┌── Dùng để phân tích (SELECT, GROUP BY, JOIN)
│
condition_concept_id = 201826 ← Standard SNOMED
├── Truy nguyên nguồn gốc
condition_source_value = 'E11' ← Text gốc HIS │
condition_source_concept_id = 443238 ← ICD-10 ───┘
3. Domain — Concept thuộc bảng nào?
3.1. Các Domain chính
| Domain | Bảng đích | Ví dụ |
|---|---|---|
| Condition | CONDITION_OCCURRENCE | Tiểu đường, viêm phổi |
| Drug | DRUG_EXPOSURE | Metformin, Amoxicillin |
| Procedure | PROCEDURE_OCCURRENCE | Nội soi, phẫu thuật |
| Measurement | MEASUREMENT | HbA1c, huyết áp, BMI |
| Observation | OBSERVATION | Hút thuốc, tiền sử gia đình |
| Device | DEVICE_EXPOSURE | Stent, máy tạo nhịp |
| Specimen | SPECIMEN | Mẫu máu, mẫu mô |
| Visit | VISIT_OCCURRENCE | Khám ngoại trú, nhập viện |
| Gender | PERSON | Male, Female |
| Race | PERSON | Asian, White |
| Type Concept | Mọi bảng | EHR, Claim, Lab |
| Unit | MEASUREMENT | mg/dL, %, mmHg |
| Route | DRUG_EXPOSURE | Oral, IV, Topical |
3.2. Tại sao Domain quan trọng?
Domain quyết định bản ghi nằm ở bảng nào. Đây là quy tắc ETL cốt lõi:
Dữ liệu nguồn: "ICD-10: Z87.891 — History of nicotine dependence"
Bước 1: Tra cứu ICD-10 Z87.891 trên Athena
Bước 2: Tìm Standard Concept → maps to SNOMED concept
Bước 3: Standard Concept thuộc domain "Observation"
Bước 4: Lưu vào bảng OBSERVATION (không phải CONDITION!)
⚠️ Dù ICD-10 thường gắn với Condition domain,
nhưng "History of" map sang Observation domain
4. Vocabulary — Nguồn gốc Concept
4.1. Các Vocabulary quan trọng
┌──────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ VOCABULARY CHÍNH TRONG OMOP CDM │
│ │
│ ┌─────────────┐ Conditions (diagnoses, symptoms) │
│ │ SNOMED CT │ → Standard vocabulary cho Condition domain │
│ └─────────────┘ │
│ │
│ ┌─────────────┐ Drugs (medications, vaccines) │
│ │ RxNorm │ → Standard vocabulary cho Drug domain │
│ └─────────────┘ │
│ │
│ ┌─────────────┐ Measurements (lab tests, vitals) │
│ │ LOINC │ → Standard vocabulary cho Measurement domain │
│ └─────────────┘ │
│ │
│ ┌─────────────┐ Procedures │
│ │ SNOMED CT │ → Standard vocabulary cho Procedure domain │
│ │ CPT4 │ → US-specific procedures │
│ └─────────────┘ │
│ │
│ SOURCE VOCABULARIES (Non-standard, cần mapping): │
│ ICD-10-CM/VN, ICD-9-CM, NDC, HCPCS, ATC, Read, MedDRA │
└──────────────────────────────────────────────────────────────────┘
4.2. Standard vs Non-standard Vocabulary
| Loại | Ví dụ | standard_concept | Dùng ở cột |
|---|---|---|---|
| Standard | SNOMED CT, RxNorm, LOINC | 'S' | *_concept_id |
| Non-standard | ICD-10, NDC, ATC, MedDRA | NULL | *_source_concept_id |
| Classification | SNOMED hierarchy nodes | 'C' | Dùng trong queries phân cấp |
4.3. Quá trình Mapping
HIS: "E11" (ICD-10)
│
│ Tra bảng CONCEPT_RELATIONSHIP
│ relationship_id = 'Maps to'
↓
Source Concept: 443238 (ICD-10 E11)
│
│ Maps to
↓
Standard Concept: 201826 (SNOMED Type 2 diabetes mellitus)
SQL tra cứu mapping:
-- Tìm Standard Concept từ ICD-10 code 'E11'
SELECT
c1.concept_id AS source_concept_id,
c1.concept_name AS source_name,
c1.vocabulary_id AS source_vocab,
c2.concept_id AS standard_concept_id,
c2.concept_name AS standard_name,
c2.vocabulary_id AS standard_vocab
FROM concept c1
JOIN concept_relationship cr
ON c1.concept_id = cr.concept_id_1
AND cr.relationship_id = 'Maps to'
JOIN concept c2
ON cr.concept_id_2 = c2.concept_id
AND c2.standard_concept = 'S'
WHERE c1.concept_code = 'E11'
AND c1.vocabulary_id = 'ICD10CM';
5. Concept Class — Phân loại chi tiết
Mỗi Concept thuộc một Concept Class cho biết nó thuộc cấp độ nào trong vocabulary:
| Domain | Concept Class | Ví dụ |
|---|---|---|
| Condition | Clinical Finding | Type 2 diabetes mellitus |
| Drug | Ingredient | Metformin |
| Drug | Clinical Drug | Metformin 500 MG Oral Tablet |
| Drug | Branded Drug | Glucophage 500 MG Oral Tablet |
| Measurement | Lab Test | Hemoglobin A1c |
| Measurement | Clinical Observation | Body weight |
| Procedure | Procedure | Coronary artery bypass grafting |
| Observation | Context-dependent | History of clinical finding |
Drug Concept Class — Đặc biệt quan trọng
RxNorm tổ chức thuốc theo cấp độ:
INGREDIENT (hoạt chất)
└── Metformin (concept_id = 1503297)
│
├── CLINICAL DRUG FORM
│ └── Metformin Oral Tablet
│ │
│ ├── CLINICAL DRUG (hoạt chất + liều + dạng)
│ │ └── Metformin 500 MG Oral Tablet
│ │ │
│ │ └── BRANDED DRUG (tên thương mại)
│ │ └── Glucophage 500 MG Oral Tablet
│ │
│ └── CLINICAL DRUG
│ └── Metformin 1000 MG Oral Tablet
│
└── CLINICAL DRUG FORM
└── Metformin Extended Release Oral Tablet
6. Tra cứu Concept trên Athena
6.1. Athena là gì?
Athena (https://athena.ohdsi.org/) là công cụ web miễn phí để tra cứu Standardized Vocabularies.
6.2. Hướng dẫn tra cứu
Bước 1: Truy cập https://athena.ohdsi.org/ (cần tạo tài khoản miễn phí)
Bước 2: Nhập từ khóa, ví dụ "diabetes type 2"
Bước 3: Lọc kết quả:
- Standard Concept: chọn "Standard" để chỉ xem concept chuẩn
- Domain: chọn "Condition" nếu tìm bệnh
- Vocabulary: chọn "SNOMED" hoặc "ICD10CM"
Bước 4: Xem chi tiết concept:
- Concept ID, name, class, domain, vocabulary
- Tab Relationships: xem "Maps to", "Is a", "Has component"
- Tab Hierarchy: xem concept cha/con
6.3. Ví dụ tra cứu phổ biến
Tìm bệnh tiểu đường type 2:
→ Search: "type 2 diabetes"
→ Filter: Domain=Condition, Standard=Standard
→ Kết quả: concept_id=201826, SNOMED "Type 2 diabetes mellitus"
Tìm thuốc Metformin:
→ Search: "metformin"
→ Filter: Domain=Drug, Concept Class=Ingredient
→ Kết quả: concept_id=1503297, RxNorm "metformin"
Tìm xét nghiệm HbA1c:
→ Search: "hemoglobin a1c"
→ Filter: Domain=Measurement, Standard=Standard
→ Kết quả: concept_id=3004410, LOINC "Hemoglobin A1c/Hemoglobin.total"
7. concept_id = 0 — Khi không map được
Khi dữ liệu nguồn không thể map sang Standard Concept:
-- Một mã thuốc nội bộ bệnh viện không có trong RxNorm
drug_concept_id = 0 -- Không map được!
drug_source_value = 'THUOC_BV_001' -- Vẫn giữ mã gốc
drug_source_concept_id = 0 -- Cũng không có source concept
Điều này hoàn toàn hợp lệ. OMOP CDM cho phép concept_id = 0, nhưng mục tiêu là giảm thiểu số bản ghi có concept_id = 0 bằng cách:
- Sử dụng SOURCE_TO_CONCEPT_MAP cho custom mappings
- Dùng công cụ Usagi để mapping bán tự động
- Yêu cầu cộng đồng thêm concepts mới vào vocabulary
8. Thực hành: Đọc một bản ghi CDM
Cho bản ghi sau trong CONDITION_OCCURRENCE:
condition_occurrence_id = 50001
person_id = 12345
condition_concept_id = 201826
condition_start_date = '2024-06-10'
condition_start_datetime = '2024-06-10 09:30:00'
condition_end_date = NULL
condition_end_datetime = NULL
condition_type_concept_id = 32817
condition_status_concept_id = 32902
provider_id = 5001
visit_occurrence_id = V001
condition_source_value = 'E11'
condition_source_concept_id = 443238
condition_status_source_value = 'admitting'
Giải mã:
| Trường | Giá trị | Ý nghĩa |
|---|---|---|
| condition_concept_id = 201826 | SNOMED "Type 2 diabetes mellitus" | Chẩn đoán chuẩn |
| condition_type_concept_id = 32817 | "EHR" | Dữ liệu từ hệ thống EMR |
| condition_status_concept_id = 32902 | "Primary diagnosis" | Chẩn đoán chính |
| condition_source_value = 'E11' | ICD-10-CM code gốc | Mã gốc từ HIS |
| condition_source_concept_id = 443238 | ICD-10-CM concept cho "E11" | Concept gốc |
| provider_id = 5001 | Bác sĩ chẩn đoán | Tra bảng PROVIDER |
| visit_occurrence_id = V001 | Lượt khám ngoại trú | Tra bảng VISIT_OCCURRENCE |
Tổng kết
Trong bài này, bạn đã hiểu:
- Concept = khái niệm y tế, đại diện bởi concept_id duy nhất
- 3 loại Concept: Standard (S), Classification (C), Source (NULL)
- Bộ ba cột:
*_concept_id/*_source_value/*_source_concept_id - Domain quyết định bản ghi nằm ở bảng nào
- Vocabulary: SNOMED (Condition), RxNorm (Drug), LOINC (Measurement)
- Concept Class: phân loại chi tiết (Ingredient vs Clinical Drug...)
- Athena: công cụ tra cứu concept miễn phí
- concept_id = 0: hợp lệ khi không map được
Bài tiếp theo: Chúng ta sẽ bắt đầu khám phá bảng đầu tiên — PERSON — nơi lưu trữ thông tin nhân khẩu bệnh nhân.