はじめに
測定は、すべての検査結果、バイタルサイン、臨床測定値、つまり測定可能な値 (数値またはカテゴリー) を持つあらゆるデータの記録です。これは、ほとんどの OMOP データベースで最大のテーブルであり、各検査で多くの行が作成されるため、通常は総レコードの > 50% を占めます (例: 20 のインジケーターを持つ血液検査テーブル = 20 レコード)。
1. テーブル構造
| コラム | タイプ | 必須 | 説明 |
|---|---|---|---|
measurement_id | 整数 | ✅PK | 固有の ID |
person_id | 整数 | ✅FK | 患者 |
measurement_concept_id | 整数 | ✅ | スタンダードコンセプト（LOINC） |
measurement_date | 日付 | ✅ | 試験日 |
measurement_datetime | 日時 | 日付と時刻 | |
measurement_time | VARCHAR(10) | 現在 (レガシー) | |
measurement_type_concept_id | 整数 | ✅ | データソース |
operator_concept_id | 整数 | 演算子 (<, >、=、 <=, >=) | |
value_as_number | フロート | 数値 | |
value_as_concept_id | 整数 | カテゴリ値 | |
unit_concept_id | 整数 | ユニット (UCUM) | |
range_low | フロート | 正常の下限 | |
range_high | フロート | 通常の上限 | |
provider_id | 整数 | FK | 医師の指示 |
visit_occurrence_id | 整数 | FK | 関連する訪問 |
visit_detail_id | 整数 | FK | 訪問詳細 |
measurement_source_value | VARCHAR(50) | 元のテストコード | |
measurement_source_concept_id | 整数 | オリジナルコンセプト | |
unit_source_value | VARCHAR(50) | オリジナルユニット | |
unit_source_concept_id | 整数 | オリジナルユニットコンセプト | |
value_source_value | VARCHAR(50) | 元の値 | |
measurement_event_id | ビッグINT | ⭐ 新しい CDM 5.4 | |
meas_event_field_concept_id | 整数 | ⭐ 新しい CDM 5.4 |
2. value_as_number と value_as_concept_id の比較
＃＃＃２．１． NUMBER 結果 → value_as_number
-- Glucose máu: 6.5 mmol/L
INSERT INTO measurement VALUES (
110001, 100001, 3004501, -- LOINC: Glucose [Mass/volume] in Blood
'2024-06-15', NULL, NULL,
32817, -- EHR
4172703, -- = (equals)
6.5, -- value_as_number
NULL, -- no concept value
8753, -- UCUM: mmol/L
3.9, 6.1, -- range: 3.9-6.1
5001, 50001, NULL,
'GLU', 0, 'mmol/L', 0,
'6.5', NULL, NULL
);
＃＃＃２．２．結果カテゴリ → value_as_concept_id
-- Xét nghiệm nhóm máu: O
INSERT INTO measurement VALUES (
110002, 100001, 3003694, -- LOINC: ABO group [Type] in Blood
'2024-06-15', NULL, NULL,
32817, -- EHR
NULL, -- no operator
NULL, -- no numeric value
36308332, -- Concept: Blood group O
NULL, -- no unit
NULL, NULL, -- no range
5001, 50001, NULL,
'BLOOD_TYPE', 0, NULL, 0,
'O', NULL, NULL
);
＃＃＃２．３．選択ルール
| 結果 | 数値としての値 | コンセプトとしての値 |
|---|---|---|
| 「6.5mmol/L」 | 6.5 | NULL |
| 「ポジティブ」 | NULL | 4181412 (ポジティブ) |
| 「ネガティブ」 | NULL | 4132135 (ネガティブ) |
| 「血液型はO型」 | NULL | 36308332 |
| > 100" | 100 | NULL + 演算子 = > |
| 「通常」 | NULL | 4069590 (ノーマル) |
3.operator_concept_id — 比較演算子
結果が正しくない場合に使用されます (例: "< 0.5", "> 100インチ）。
| コンセプトID | オペレーター | 意味 |
|---|---|---|
| 4171756 | < | 下 |
| 4171754 | <= | |
| 4172703 | = | 等しい (デフォルト) |
| 4172704 | >= | |
| 4172702 | > | より高い |
-- Kết quả HBsAg: < 0.05 (dưới ngưỡng phát hiện)
INSERT INTO measurement (
measurement_id, person_id, measurement_concept_id,
measurement_date, measurement_type_concept_id,
operator_concept_id, value_as_number,
unit_concept_id, measurement_source_value
) VALUES (
110003, 100001, 3013721, -- LOINC: HBsAg
'2024-06-15', 32817,
4171756, -- operator: <
0.05, -- value
8647, -- IU/mL
'HBSAG'
);
4. LOINC — 語彙テスト
＃＃＃４．１． LOINCの構造
LOINC Code = Component : Property : Time : System : Scale : Method
VD: 2345-7 = Glucose : MCnc : Pt : Ser/Plas : Qn
Component = Glucose (đo gì)
Property = MCnc (mass concentration)
Time = Pt (point in time)
System = Ser/Plas (huyết thanh/huyết tương)
Scale = Qn (quantitative - số)
＃＃＃４．２． LOINCは人気です
| LOINC コード |コンセプトID |名前 |ベトナム | |----------|----------||-----|-----| | 2345-7 | 3004501 |血清中のグルコース [質量/体積] |血糖値 | | 4548-4 | 3034639 | HbA1c | HbA1c | | 2160-0 | 3016723 |血清中のクレアチニン |血中クレアチニン | | 6768-6 | 3006923 |血清中のALT | ＳＧＰＴ | | 33914-3 | 3027018 | GFR の推定値 | eGFR | | 718-7 | 3000963 |ヘモグロビン |ヘモグロビン | | 26515-7 | 3010813 |血小板 |血小板 | | 2093-3 | 3027114 |総コレステロール |総コレステロール |
5.unit_concept_id — UCUM ユニット
| コンセプトID | UCUM コード | 単位 |
|---|---|---|
| 8840 | mg/dL | ミリグラム/デシリットル |
| 8753 | ミリモル/L | ミリモル/リットル |
| 8647 | IU/mL | 国際単位/ミリリットル |
| 8554 | % | パーセント |
| 9529 | kg/m2 | BMI |
| 8876 | mm[Hg] | 水銀ミリメートル |
| 8582 | /uL | マイクロリットルあたり (血球) |
| 8845 | mg/L | ミリグラム/リットル |
重要: 同じテストですが、単位が異なるため、値も異なります。例: グルコース 100 mg/dL = 5.6 mmol/L。 ETL は単位を標準化する必要があります。
6. Measurement_event_id — CDM 5.4 の新機能
測定を他のイベントにリンクできるようにします。
┌──────────────────────────────┐
│ MEASUREMENT │
│ "Lab: BUN = 35 mg/dL" │
│ measurement_event_id = 70001│
│ meas_event_field_concept_id │
│ = 1147127 │──→ condition_occurrence
│ (condition_occurrence_id)│ .condition_occurrence_id
└──────────────────────────────┘ = 70001
アプリケーション: テストを、そのテストを要求した特定の診断または手順に関連付けます。
-- Xét nghiệm BUN liên quan đến chẩn đoán suy thận
INSERT INTO measurement (
measurement_id, person_id, measurement_concept_id,
measurement_date, measurement_type_concept_id,
value_as_number, unit_concept_id,
measurement_event_id,
meas_event_field_concept_id
) VALUES (
110010, 100001, 3013682, -- LOINC: BUN
'2024-06-15', 32817,
35, 8840, -- 35 mg/dL
70001, -- Liên kết condition_occurrence_id = 70001
1147127 -- Field = condition_occurrence.condition_occurrence_id
);
7. ETL テスト VN
＃＃＃７．１．よくある問題
| 問題 | ソリューション |
|---|---|
| BV 内部試験コード | SOURCE_TO_CONCEPT_MAP → LOINC 経由で地図を作成 |
| テキスト結果「肯定的」 | value_as_concept_id |
| 「結果」< 0.5" | 個別の演算子 + value_as_number |
| 非標準単位 | UCUMの地図 |
| 範囲は研究室によって異なります | マシン/ラボから範囲を取得するには、 range_low/range_high |
| 20 個のインジケーターのテスト表 = 1 行 | 20 の測定記録に分割 |
7.2. SQL ETL
-- Mỗi chỉ số xét nghiệm = 1 record MEASUREMENT
SELECT
ROW_NUMBER() OVER() AS measurement_id,
pm.person_id,
COALESCE(stcm.target_concept_id, 0) AS measurement_concept_id,
xn.ngay_xetnghiem AS measurement_date,
32817 AS measurement_type_concept_id,
-- Parse operator từ giá trị gốc
CASE
WHEN xn.gia_tri LIKE '<%' THEN 4171756 -- <
WHEN xn.gia_tri LIKE '>%' THEN 4172702 -- >
他 4172703 -- =
END AS オペレーターコンセプト ID、
-- 値から数値を解析します
ケース
WHEN xn.price ~ '^[<>]?[0-9.]+'
THEN REGEXP_REPLACE(xn.value, '[^0-9.]', '', 'g')::FLOAT
それ以外の場合は NULL
END AS value_as_number、
-- カテゴリの結果
CASE xn.value
「陽性」の場合 THEN 4181412 -- 陽性
「ネガティブ」の場合 THEN 4132135 -- ネガティブ
「通常」の場合 THEN 4069590 -- 通常
それ以外の場合は NULL
END AS value_as_concept_id、
COALESCE(u.target_concept_id, 0) AS ユニットコンセプト ID,
xn.gioi_han_duoi AS range_low、
xn.gioi_han_tren AS range_high、
xn.ma_xetnghiem AS 測定ソース値、
xn.don_vi_goc ASのunit_source_value、
xn.value AS value_source_value
xetnghiem_his xn から
JOIN person_mapping pm ON xn.ma_bn = pm.source_id
LEFT JOIN source_to_concept_map stcm
ON xn.ma_xetnghiem = stcm.source_code
かつ stcm.source_vocabulary_id = 'VN_LAB'
LEFT JOIN source_to_concept_map u
ON xn.don_vi_goc = u.source_code
かつ u.source_vocabulary_id = 'VN_UNIT';
8. 測定におけるバイタルサイン
| バイタルサイン | ロインク | コンセプトID | 単位 |
|---|---|---|---|
| 最高血圧 | 8480-6 | 3004249 | mmHg |
| 拡張期血圧 | 8462-4 | 3012888 | mmHg |
| 心拍数 | 8867-4 | 3027018 | /分 |
| 温度 | 8310-5 | 3020891 | ℃ |
| SpO2 | 59408-5 | 40762499 | % |
| 重量 | 29463-7 | 3025315 | kg |
| 高さ | 8302-2 | 3036277 | センチ |
| BMI | 39156-5 | 3038553 | kg/m² |
-- バイタルサインを記録します: 血圧 130/85、NT 80、体温 37.2、SpO2 97%
INSERT INTO 測定 (measurement_id、person_id、measurement_concept_id、
測定日、測定タイプコンセプト ID、
value_as_number、unit_concept_id、measurement_source_value)
価値観
(120001, 100001, 3004249, '2024-06-15', 32817, 130, 8876, 'SBP'),
(120002、100001、3012888、'2024-06-15'、32817、85、8876、'DBP')、
(120003, 100001, 3027018, '2024-06-15', 32817, 80, 8541, 'HR'),
(120004, 100001, 3020891, '2024-06-15', 32817, 37.2, 586323, 'TEMP'),
(120005、100001、40762499、'2024-06-15'、32817、97、8554、'SPO2');
9. SQL 分析
-- 集団内の HbA1c の分布
選択
ケース
WHEN m.value_as_number < 5.7 THEN 'Bình thường (<5.7%)'
WHEN m.value_as_number BETWEEN 5.7 AND 6.4 THEN 'Tiền ĐTĐ (5.7-6.4%)'
WHEN m.value_as_number >= 6.5 THEN '糖尿病 (>=6.5%)'
hba1c_group として終了、
COUNT(DISTINCT m.person_id) AS 患者、
ROUND(AVG(m.value_as_number), 2) AS avg_hba1c
FROM測定m
WHERE m.measurement_concept_id = 3034639 -- HbA1c
かつ、m.value_as_number が NULL ではありません
AND m.value_as_number BETWEEN 2 AND 20 -- 外れ値を入力します
hba1c_group によるグループ化
hba1c_group で注文;
-- HbA1c の経時的傾向 (患者 1 名)
選択
m.測定日、
m.value_as_number AS hba1c、
ケース
WHEN m.value_as_number < 7.0 THEN '✅ Kiểm soát tốt'
ELSE '⚠️ Cần cải thiện'
END AS status
FROM measurement m
WHERE m.person_id = 100001
AND m.measurement_concept_id = 3034639
ORDER BY m.measurement_date;
-- Xét nghiệm bất thường (ngoài range)
SELECT
c.concept_name AS test_name,
COUNT(*) AS abnormal_count,
COUNT(DISTINCT m.person_id) AS patients
FROM measurement m
JOIN concept c ON m.measurement_concept_id = c.concept_id
WHERE m.value_as_number IS NOT NULL
AND (m.value_as_number < m.range_low
OR m.value_as_number > m.range_high)
そして、m.range_low は NULL ではありません
そして、m.range_high は NULL ではありません
c.concept_name によるグループ化
ORDER BY 異常数 DESC
リミット10;
概要
- 測定 = 検査 + バイタルサイン + すべての測定値
- 2 つの結果タイプ: value_as_number (数値) または value_as_concept_id (カテゴリ)
- operator_concept_id の結果は「<」または「>」
- unit_concept_id は UCUM を使用し、measurement_concept_id は LOINC を使用します
- 通常の基準値の range_low / range_high
- CDM 5.4: measurement_event_id はテストを別のイベントに関連付けます
次の記事: 観察 — 専門的な表ではカバーされていない臨床事象。