Giới thiệu
MEASUREMENT là bảng ghi nhận mọi kết quả xét nghiệm, sinh hiệu, và đo lường lâm sàng — bất kỳ dữ liệu nào có giá trị đo được (số hoặc danh mục). Đây là bảng lớn nhất trong hầu hết database OMOP, thường chiếm >50% tổng record vì mỗi lần xét nghiệm tạo nhiều dòng (VD: bảng xét nghiệm máu 20 chỉ số = 20 records).
1. Cấu trúc bảng
| Cột | Kiểu | Bắt buộc | Mô tả |
|---|---|---|---|
measurement_id | INTEGER | ✅ PK | ID duy nhất |
person_id | INTEGER | ✅ FK | Bệnh nhân |
measurement_concept_id | INTEGER | ✅ | Standard Concept (LOINC) |
measurement_date | DATE | ✅ | Ngày xét nghiệm |
measurement_datetime | DATETIME | Ngày giờ | |
measurement_time | VARCHAR(10) | Giờ (legacy) | |
measurement_type_concept_id | INTEGER | ✅ | Nguồn dữ liệu |
operator_concept_id | INTEGER | Toán tử (<, >, =, <=, >=) | |
value_as_number | FLOAT | Giá trị số | |
value_as_concept_id | INTEGER | Giá trị danh mục | |
unit_concept_id | INTEGER | Đơn vị (UCUM) | |
range_low | FLOAT | Giới hạn dưới bình thường | |
range_high | FLOAT | Giới hạn trên bình thường | |
provider_id | INTEGER | FK | Bác sĩ yêu cầu |
visit_occurrence_id | INTEGER | FK | Visit liên quan |
visit_detail_id | INTEGER | FK | Visit detail |
measurement_source_value | VARCHAR(50) | Mã xét nghiệm gốc | |
measurement_source_concept_id | INTEGER | Concept gốc | |
unit_source_value | VARCHAR(50) | Đơn vị gốc | |
unit_source_concept_id | INTEGER | Concept đơn vị gốc | |
value_source_value | VARCHAR(50) | Giá trị gốc | |
measurement_event_id | BIGINT | ⭐ CDM 5.4 mới | |
meas_event_field_concept_id | INTEGER | ⭐ CDM 5.4 mới |
2. value_as_number vs value_as_concept_id
2.1. Kết quả SỐ → value_as_number
-- Glucose máu: 6.5 mmol/L
INSERT INTO measurement VALUES (
110001, 100001, 3004501, -- LOINC: Glucose [Mass/volume] in Blood
'2024-06-15', NULL, NULL,
32817, -- EHR
4172703, -- = (equals)
6.5, -- value_as_number
NULL, -- no concept value
8753, -- UCUM: mmol/L
3.9, 6.1, -- range: 3.9-6.1
5001, 50001, NULL,
'GLU', 0, 'mmol/L', 0,
'6.5', NULL, NULL
);
2.2. Kết quả DANH MỤC → value_as_concept_id
-- Xét nghiệm nhóm máu: O
INSERT INTO measurement VALUES (
110002, 100001, 3003694, -- LOINC: ABO group [Type] in Blood
'2024-06-15', NULL, NULL,
32817, -- EHR
NULL, -- no operator
NULL, -- no numeric value
36308332, -- Concept: Blood group O
NULL, -- no unit
NULL, NULL, -- no range
5001, 50001, NULL,
'BLOOD_TYPE', 0, NULL, 0,
'O', NULL, NULL
);
2.3. Quy tắc chọn
| Kết quả | value_as_number | value_as_concept_id |
|---|---|---|
| "6.5 mmol/L" | 6.5 | NULL |
| "Dương tính" | NULL | 4181412 (Positive) |
| "Âm tính" | NULL | 4132135 (Negative) |
| "Nhóm máu O" | NULL | 36308332 |
| "> 100" | 100 | NULL + operator = > |
| "Bình thường" | NULL | 4069590 (Normal) |
3. operator_concept_id — Toán tử so sánh
Dùng khi kết quả không chính xác (VD: "< 0.5", "> 100").
| Concept ID | Toán tử | Ý nghĩa |
|---|---|---|
| 4171756 | < | Thấp hơn |
| 4171754 | <= | Thấp hơn hoặc bằng |
| 4172703 | = | Bằng (mặc định) |
| 4172704 | >= | Cao hơn hoặc bằng |
| 4172702 | > | Cao hơn |
-- Kết quả HBsAg: < 0.05 (dưới ngưỡng phát hiện)
INSERT INTO measurement (
measurement_id, person_id, measurement_concept_id,
measurement_date, measurement_type_concept_id,
operator_concept_id, value_as_number,
unit_concept_id, measurement_source_value
) VALUES (
110003, 100001, 3013721, -- LOINC: HBsAg
'2024-06-15', 32817,
4171756, -- operator: <
0.05, -- value
8647, -- IU/mL
'HBSAG'
);
4. LOINC — Vocabulary xét nghiệm
4.1. LOINC structure
LOINC Code = Component : Property : Time : System : Scale : Method
VD: 2345-7 = Glucose : MCnc : Pt : Ser/Plas : Qn
Component = Glucose (đo gì)
Property = MCnc (mass concentration)
Time = Pt (point in time)
System = Ser/Plas (huyết thanh/huyết tương)
Scale = Qn (quantitative - số)
4.2. LOINC phổ biến
| LOINC Code | Concept ID | Tên | VN |
|---|---|---|---|
| 2345-7 | 3004501 | Glucose [Mass/volume] in Serum | Đường huyết |
| 4548-4 | 3034639 | HbA1c | HbA1c |
| 2160-0 | 3016723 | Creatinine in Serum | Creatinine máu |
| 6768-6 | 3006923 | ALT in Serum | SGPT |
| 33914-3 | 3027018 | GFR estimated | eGFR |
| 718-7 | 3000963 | Hemoglobin | Hemoglobin |
| 26515-7 | 3010813 | Platelets | Tiểu cầu |
| 2093-3 | 3027114 | Total Cholesterol | Cholesterol toàn phần |
5. unit_concept_id — Đơn vị UCUM
| Concept ID | UCUM Code | Đơn vị |
|---|---|---|
| 8840 | mg/dL | Milligrams per deciliter |
| 8753 | mmol/L | Millimoles per liter |
| 8647 | IU/mL | International units per milliliter |
| 8554 | % | Percent |
| 9529 | kg/m2 | BMI |
| 8876 | mm[Hg] | Millimeters mercury |
| 8582 | /uL | Per microliter (blood cells) |
| 8845 | mg/L | Milligrams per liter |
Quan trọng: Cùng một xét nghiệm nhưng đơn vị khác → giá trị khác. VD: Glucose 100 mg/dL = 5.6 mmol/L. ETL phải chuẩn hóa đơn vị!
6. measurement_event_id — Mới CDM 5.4
Cho phép liên kết measurement với bất kỳ event nào khác.
┌──────────────────────────────┐
│ MEASUREMENT │
│ "Lab: BUN = 35 mg/dL" │
│ measurement_event_id = 70001│
│ meas_event_field_concept_id │
│ = 1147127 │──→ condition_occurrence
│ (condition_occurrence_id)│ .condition_occurrence_id
└──────────────────────────────┘ = 70001
Ứng dụng: Liên kết xét nghiệm với chẩn đoán hoặc procedure cụ thể đã yêu cầu xét nghiệm đó.
-- Xét nghiệm BUN liên quan đến chẩn đoán suy thận
INSERT INTO measurement (
measurement_id, person_id, measurement_concept_id,
measurement_date, measurement_type_concept_id,
value_as_number, unit_concept_id,
measurement_event_id,
meas_event_field_concept_id
) VALUES (
110010, 100001, 3013682, -- LOINC: BUN
'2024-06-15', 32817,
35, 8840, -- 35 mg/dL
70001, -- Liên kết condition_occurrence_id = 70001
1147127 -- Field = condition_occurrence.condition_occurrence_id
);
7. ETL xét nghiệm VN
7.1. Vấn đề phổ biến
| Vấn đề | Giải pháp |
|---|---|
| Mã XN nội bộ BV | Map qua SOURCE_TO_CONCEPT_MAP → LOINC |
| Kết quả text "Dương tính" | Map sang value_as_concept_id |
| Kết quả "< 0.5" | Tách operator + value_as_number |
| Đơn vị không chuẩn | Map về UCUM |
| Range khác nhau theo lab | Lấy range từ máy/lab, nhập range_low/range_high |
| Bảng XN 20 chỉ số = 1 dòng | Tách thành 20 measurement records |
7.2. SQL ETL
-- Mỗi chỉ số xét nghiệm = 1 record MEASUREMENT
SELECT
ROW_NUMBER() OVER() AS measurement_id,
pm.person_id,
COALESCE(stcm.target_concept_id, 0) AS measurement_concept_id,
xn.ngay_xetnghiem AS measurement_date,
32817 AS measurement_type_concept_id,
-- Parse operator từ giá trị gốc
CASE
WHEN xn.gia_tri LIKE '<%' THEN 4171756 -- <
WHEN xn.gia_tri LIKE '>%' THEN 4172702 -- >
ELSE 4172703 -- =
END AS operator_concept_id,
-- Parse số từ giá trị
CASE
WHEN xn.gia_tri ~ '^[<>]?[0-9.]+'
THEN REGEXP_REPLACE(xn.gia_tri, '[^0-9.]', '', 'g')::FLOAT
ELSE NULL
END AS value_as_number,
-- Kết quả danh mục
CASE xn.gia_tri
WHEN 'Dương tính' THEN 4181412 -- Positive
WHEN 'Âm tính' THEN 4132135 -- Negative
WHEN 'Bình thường' THEN 4069590 -- Normal
ELSE NULL
END AS value_as_concept_id,
COALESCE(u.target_concept_id, 0) AS unit_concept_id,
xn.gioi_han_duoi AS range_low,
xn.gioi_han_tren AS range_high,
xn.ma_xetnghiem AS measurement_source_value,
xn.don_vi_goc AS unit_source_value,
xn.gia_tri AS value_source_value
FROM xetnghiem_his xn
JOIN person_mapping pm ON xn.ma_bn = pm.source_id
LEFT JOIN source_to_concept_map stcm
ON xn.ma_xetnghiem = stcm.source_code
AND stcm.source_vocabulary_id = 'VN_LAB'
LEFT JOIN source_to_concept_map u
ON xn.don_vi_goc = u.source_code
AND u.source_vocabulary_id = 'VN_UNIT';
8. Sinh hiệu (Vital Signs) trong MEASUREMENT
| Sinh hiệu | LOINC | Concept ID | Đơn vị |
|---|---|---|---|
| Huyết áp tâm thu | 8480-6 | 3004249 | mmHg |
| Huyết áp tâm trương | 8462-4 | 3012888 | mmHg |
| Nhịp tim | 8867-4 | 3027018 | /min |
| Nhiệt độ | 8310-5 | 3020891 | °C |
| SpO2 | 59408-5 | 40762499 | % |
| Cân nặng | 29463-7 | 3025315 | kg |
| Chiều cao | 8302-2 | 3036277 | cm |
| BMI | 39156-5 | 3038553 | kg/m² |
-- Ghi sinh hiệu: HA 130/85, NT 80, Nhiệt 37.2, SpO2 97%
INSERT INTO measurement (measurement_id, person_id, measurement_concept_id,
measurement_date, measurement_type_concept_id,
value_as_number, unit_concept_id, measurement_source_value)
VALUES
(120001, 100001, 3004249, '2024-06-15', 32817, 130, 8876, 'SBP'),
(120002, 100001, 3012888, '2024-06-15', 32817, 85, 8876, 'DBP'),
(120003, 100001, 3027018, '2024-06-15', 32817, 80, 8541, 'HR'),
(120004, 100001, 3020891, '2024-06-15', 32817, 37.2, 586323, 'TEMP'),
(120005, 100001, 40762499, '2024-06-15', 32817, 97, 8554, 'SPO2');
9. SQL phân tích
-- Phân bố HbA1c trong dân số
SELECT
CASE
WHEN m.value_as_number < 5.7 THEN 'Bình thường (<5.7%)'
WHEN m.value_as_number BETWEEN 5.7 AND 6.4 THEN 'Tiền ĐTĐ (5.7-6.4%)'
WHEN m.value_as_number >= 6.5 THEN 'ĐTĐ (>=6.5%)'
END AS hba1c_group,
COUNT(DISTINCT m.person_id) AS patients,
ROUND(AVG(m.value_as_number), 2) AS avg_hba1c
FROM measurement m
WHERE m.measurement_concept_id = 3034639 -- HbA1c
AND m.value_as_number IS NOT NULL
AND m.value_as_number BETWEEN 2 AND 20 -- loại outliers
GROUP BY hba1c_group
ORDER BY hba1c_group;
-- Xu hướng HbA1c theo thời gian (1 BN)
SELECT
m.measurement_date,
m.value_as_number AS hba1c,
CASE
WHEN m.value_as_number < 7.0 THEN '✅ Kiểm soát tốt'
ELSE '⚠️ Cần cải thiện'
END AS status
FROM measurement m
WHERE m.person_id = 100001
AND m.measurement_concept_id = 3034639
ORDER BY m.measurement_date;
-- Xét nghiệm bất thường (ngoài range)
SELECT
c.concept_name AS test_name,
COUNT(*) AS abnormal_count,
COUNT(DISTINCT m.person_id) AS patients
FROM measurement m
JOIN concept c ON m.measurement_concept_id = c.concept_id
WHERE m.value_as_number IS NOT NULL
AND (m.value_as_number < m.range_low
OR m.value_as_number > m.range_high)
AND m.range_low IS NOT NULL
AND m.range_high IS NOT NULL
GROUP BY c.concept_name
ORDER BY abnormal_count DESC
LIMIT 10;
Tổng kết
- MEASUREMENT = xét nghiệm + sinh hiệu + mọi giá trị đo được
- Hai loại kết quả: value_as_number (số) hoặc value_as_concept_id (danh mục)
- operator_concept_id cho kết quả "<" hoặc ">"
- unit_concept_id dùng UCUM, measurement_concept_id dùng LOINC
- range_low / range_high cho giá trị tham chiếu bình thường
- CDM 5.4: measurement_event_id liên kết xét nghiệm với event khác
Bài tiếp theo: OBSERVATION — sự kiện lâm sàng không thuộc các bảng chuyên biệt.