はじめに
標準化語彙 システムは OMOP CDM の「頭脳」であり、すべての臨床データがここにリンクされています。この記事では、CONCEPT (約 1,000 万の医療概念を含む) と VOCABULARY (70 以上の辞書ソースを管理) という 2 つの中央テーブルに焦点を当てます。これら 2 つのテーブルを理解することが、OMOP をマスターする鍵となります。
1. コンセプトテーブル
＃＃＃１．１．構造
| コラム | タイプ | 説明 | 例 |
|---|---|---|---|
concept_id | 整数 | PK — グローバルに一意の ID | 201826 |
concept_name | VARCHAR(255) | コンセプト名 | 「2型糖尿病」 |
domain_id | VARCHAR(20) | ドメイン (どのテーブル) | 「状態」 |
vocabulary_id | VARCHAR(20) | FK → 語彙 | 「SNOMED」 |
concept_class_id | VARCHAR(20) | 語彙における分類 | 「臨床所見」 |
standard_concept | VARCHAR(1) | S=標準、C=分類、NULL | "S" |
concept_code | VARCHAR(50) | 語彙内の元のコード | "44054006" |
valid_start_date | 日付 | 有効開始日 | 2002-01-31 |
valid_end_date | 日付 | 有効期限 | 2099年12月31日 |
invalid_reason | VARCHAR(1) | NULL=有効、U=更新、D=削除 | NULL |
＃＃＃１．２． standard_concept — 3 種類のコンセプト
┌─────────────────────────────────────────────────────┐
│ standard_concept = 'S' (Standard) │
│ → Concept "chính thống" dùng trong *_concept_id │
│ → VD: SNOMED 201826 "Type 2 diabetes mellitus" │
│ → Dùng cho condition_concept_id │
└──────────────────────┬──────────────────────────────┘
│ Maps to (nguồn → đích)
┌──────────────────────┴──────────────────────────────┐
│ standard_concept = NULL (Non-standard / Source) │
│ → Concept nguồn từ ICD, CPT4, ATC... │
│ → VD: ICD10CM 45591837 "E11 - Type 2 DM" │
│ → Dùng cho *_source_concept_id │
└─────────────────────────────────────────────────────┘
┌─────────────────────────────────────────────────────┐
│ standard_concept = 'C' (Classification) │
│ → Concept dùng cho phân cấp / ancestor │
│ → VD: MedDRA PT "Diabetes mellitus" │
└─────────────────────────────────────────────────────┘
＃＃＃１．３． domain_id — ターゲットテーブルを識別します
| ドメインID | CDM テーブル | 例 |
|---|---|---|
| 条件 | 条件発生 | 病気、症状 |
| 薬 | DRUG_EXPOSURE | 医学 |
| 手順 | PROCEDURE_OCCURRENCE | ヒント |
| 測定 | 測定 | テスト |
| 観察 | 観察 | 謝辞 |
| デバイス | デバイス_露出 | 設備 |
| 解剖学的部位の仕様 | 標本 | サンプリング場所 |
| 訪問 | VISIT_OCCURRENCE | 「訪問 |
| タイプコンセプト | *_type_concept_id | データソース |
| 性別 | 人物 | 性別 |
| レース | 人物 | レース |
| 単位 | 測定単位 | 単位 |
| ルート | DRUG_EXPOSURE.ルート | 投与経路 |
2. 語彙表
＃＃＃２．１．構造
| コラム | タイプ | 説明 |
|---|---|---|
vocabulary_id | VARCHAR(20) | PK — ID ボキャブラリー |
vocabulary_name | VARCHAR(255) | フルネーム |
vocabulary_reference | VARCHAR(255) | 参考URL |
vocabulary_version | VARCHAR(255) | バージョン |
vocabulary_concept_id | 整数 | FK → 代表コンセプト |
＃＃＃２．２．人気の語彙
| 語彙ID | 名前 | メインドメイン | 役割 |
|---|---|---|---|
| SNOMED | SNOMED-CT | 状態、手順、観察 | 臨床使用の標準 |
| RxNorm | RxNorm | 薬 | 医療の標準 |
| ロインク | ロインク | 測定 | テストの標準 |
| ICD10CM | ICD-10-CM | 条件 | ソースコンセプト診断 |
| ICD10PCS | ICD-10-PCS | 手順 | ソースコンセプトのヒント |
| CPT4 | CPT-4 | 手順・測定 | ソース請求コード |
| ATC | ATC | 薬 | 医薬品の分類 |
| UCUM | ユーカム | 単位 | 測定単位 |
| 性別 | OMOP 性別 | 性別 | 性別 |
| レース | レース | レース | レース |
| CVX | ワクチン | 薬 | ワクチンコード |
3. Athena でコンセプトを調べる
＃＃＃３．１．ルックアップステップ
1. Vào athena.ohdsi.org
2. Gõ từ khóa: "Type 2 diabetes"
3. Filter:
- Standard Concept: Standard ✓
- Domain: Condition ✓
- Vocabulary: SNOMED ✓
4. Kết quả:
concept_id: 201826
concept_name: Type 2 diabetes mellitus
vocabulary_id: SNOMED
concept_code: 44054006
standard_concept: S
domain_id: Condition
＃＃＃３．２． SQLルックアップ
-- Tìm Standard Concept cho "tiểu đường type 2"
SELECT concept_id, concept_name, vocabulary_id,
domain_id, standard_concept, concept_code
FROM concept
WHERE LOWER(concept_name) LIKE '%type 2 diabetes%'
AND standard_concept = 'S'
AND domain_id = 'Condition'
ORDER BY concept_name;
-- Tìm Source Concept (ICD-10) mapping đến Standard
SELECT
c_src.concept_id AS source_concept_id,
c_src.concept_code AS icd10_code,
c_src.concept_name AS icd10_name,
c_std.concept_id AS standard_concept_id,
c_std.concept_name AS standard_name,
c_std.vocabulary_id AS standard_vocab
FROM concept c_src
JOIN concept_relationship cr
ON c_src.concept_id = cr.concept_id_1
AND cr.relationship_id = 'Maps to'
JOIN concept c_std
ON cr.concept_id_2 = c_std.concept_id
AND c_std.standard_concept = 'S'
WHERE c_src.concept_code = 'E11'
AND c_src.vocabulary_id = 'ICD10CM';
4. Concept_class_id — 語彙における分類
＃＃＃４．１． SNOMED
| コンセプトクラスID | 意味 | 例 |
|---|---|---|
| 臨床所見 | 病気、症状 | タイプ 2 DM |
| 手順 | ヒント | 虫垂切除術 |
| 体の構造 | 体の構造 | 肝臓 |
| 物質 | 品質 | グルコース |
| 観測可能なエンティティ | 測定数量 | 血圧 |
| 修飾子の値 | 付加価値 | 深刻な |
＃＃＃４．２． RxNorm
| コンセプトクラスID | レベル | 例 |
|---|---|---|
| 成分 (IN) | 有効成分 | メトホルミン |
| 臨床薬剤フォーム (CDF) | HC + 剤形 | メトホルミン経口錠 |
| 臨床薬 (CD) | HC + 用量 + フォーム | メトホルミン 500mg 錠 |
| ブランドドラッグ (BD) | 商号 | グルコファージ 500mg 錠 |
| 臨床医薬品コンプ (CDC) | HC + 投与量 | メトホルミン500mg |
| ブランド名 (BN) | 商号 | グルコファージ |
| 用量フォーム (DF) | 剤形 | 経口錠剤 |
5. ドメインテーブル
| コラム | タイプ | 説明 |
|---|---|---|
domain_id | VARCHAR(20) | PK |
domain_name | VARCHAR(255) | ドメイン名 |
domain_concept_id | 整数 | FK → コンセプト |
6. CONCEPT_CLASS テーブル
| コラム | タイプ | 説明 |
|---|---|---|
concept_class_id | VARCHAR(20) | PK |
concept_class_name | VARCHAR(255) | クラス名 |
concept_class_concept_id | 整数 | FK → コンセプト |
7. Concept_id = 0 — 特別な意味
| コンセプト | 意味 | いつ使用するか |
|---|---|---|
| コンセプトID = 0 | 「一致するコンセプトがありません」 | マッピングできません |
| コンセプト名 | 「一致するコンセプトがありません」 | |
| ドメインID | NULL | |
| 語彙ID | 「なし」 |
-- Kiểm tra % records không map được
SELECT
'condition_occurrence' AS table_name,
COUNT(*) AS total_records,
SUM(CASE WHEN condition_concept_id = 0 THEN 1 ELSE 0 END) AS unmapped,
ROUND(SUM(CASE WHEN condition_concept_id = 0 THEN 1 ELSE 0 END) * 100.0
/ COUNT(*), 1) AS unmapped_pct
FROM condition_occurrence
UNION ALL
SELECT 'drug_exposure', COUNT(*),
SUM(CASE WHEN drug_concept_id = 0 THEN 1 ELSE 0 END),
ROUND(SUM(CASE WHEN drug_concept_id = 0 THEN 1 ELSE 0 END) * 100.0
/ COUNT(*), 1)
FROM drug_exposure
UNION ALL
SELECT 'measurement', COUNT(*),
SUM(CASE WHEN measurement_concept_id = 0 THEN 1 ELSE 0 END),
ROUND(SUM(CASE WHEN measurement_concept_id = 0 THEN 1 ELSE 0 END) * 100.0
/ COUNT(*), 1)
FROM measurement;
概要
- コンセプト: 最大 1,000 万件のレコード、各医療コンセプトには固有のコンセプト ID があります
- standard_concept: S = 標準 (主に使用)、C = 分類、NULL = ソース
- domain_id により、データがどの CDM テーブルに保存されるかが決まります
- 語彙: 70 以上の辞書ソース (SNOMED、RxNorm、LOINC、ICD-10...)
- concept_id = 0: 「マッピングできません」 — ETL が標準コンセプトを見つけられない場合に使用されます
- athena.ohdsi.org を検索するか、CONCEPT テーブルを直接クエリします。
次の記事: CONCEPT_RELATIONSHIP と CONCEPT_ANCESTOR — コンセプト間の関係と階層。