はじめに
前回の記事では、OMOP CDM が必要な 理由 を理解できました。この記事では、次の質問に答えます: CDM 5.4 はどのようなものですか? — 37 のテーブルは、どのようなグループに、どのような設計原則に従ってどのように編成されていますか。
次の記事で各表に入る前に、CDM 全体の「鳥瞰図」を理解します。
1. 6 つのテーブル グループの概要
OMOP CDM 5.4 には、6 つのグループ (グループ) に分割された 37 のテーブルが含まれています。
┌─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ OMOP CDM 5.4 — 37 Tables │
│ │
│ ┌─────────────────────────────────────────────────────────────────┐ │
│ │ 1. CLINICAL DATA (16 bảng) │ │
│ │ person, observation_period, visit_occurrence, visit_detail, │ │
│ │ condition_occurrence, drug_exposure, procedure_occurrence, │ │
│ │ device_exposure, measurement, observation, death, note, │ │
│ │ note_nlp, specimen, fact_relationship, episode, episode_event │ │
│ └─────────────────────────────────────────────────────────────────┘ │
│ │
│ ┌──────────────────────────┐ ┌──────────────────────────────────┐ │
│ │ 2. HEALTH SYSTEM (3) │ │ 3. HEALTH ECONOMICS (2) │ │
│ │ location, care_site, │ │ payer_plan_period, cost │ │
│ │ provider │ │ │ │
│ └──────────────────────────┘ └──────────────────────────────────┘ │
│ │
│ ┌──────────────────────────────────────────────────────────────────┐ │
│ │ 4. STANDARDIZED VOCABULARIES (12 bảng) │ │
│ │ concept, vocabulary, domain, concept_class, concept_relationship,│ │
│ │ relationship, concept_synonym, concept_ancestor, │ │
│ │ source_to_concept_map, drug_strength, cohort, cohort_definition │ │
│ └──────────────────────────────────────────────────────────────────┘ │
│ │
│ ┌─────────────────────────┐ ┌───────────────────────────────────┐ │
│ │ 5. DERIVED ELEMENTS (3) │ │ 6. METADATA (2) │ │
│ │ drug_era, dose_era, │ │ cdm_source, metadata │ │
│ │ condition_era │ │ │ │
│ └─────────────────────────┘ └───────────────────────────────────┘ │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
＃＃＃１．１．臨床データテーブル (16 テーブル)
これは最大かつ最も重要なグループであり、すべての臨床データが含まれています。
| 表 | 簡単な説明 | レッスン |
|---|---|---|
person | 患者の人口統計情報 | レッスン 4 |
observation_period | フォローアップ間隔 | レッスン 5 |
visit_occurrence | 訪問・入院 | レッスン 6 |
visit_detail | 詳細は訪問で | レッスン 6 |
condition_occurrence | 診断、病理学 | レッスン 7 |
drug_exposure | 医薬品、処方箋、ワクチン | レッスン 8 |
procedure_occurrence | 手順、手術 | レッスン 9 |
measurement | 検査、バイタルサイン | レッスン 10 |
observation | 臨床観察、歴史 | レッスン 11 |
device_exposure | 医療機器 | レッスン 12 |
specimen | 患者サンプル | レッスン 12 |
note | テキストメモ | レッスン 12 |
note_nlp | NLP の結果は note | レッスン 12 |
death | 死亡情報 | レッスン 13 |
episode | 疾患段階 (新しい CDM 5.4) | レッスン 13 |
episode_event | イベント エピソードのリンク (新しい CDM 5.4) | レッスン 13 |
＃＃＃１．２．医療システム データ テーブル (3 つのテーブル)
| 表 | 説明 |
|---|---|
location | 場所 (住所、座標) |
care_site | 医療機関（病院、診療所） |
provider | 医療スタッフ（医師・看護師） |
＃＃＃１．３．医療経済データ表（2表）
| 表 | 説明 |
|---|---|
payer_plan_period | 健康保険情報の推移 |
cost | あらゆる臨床イベントに関連するコスト |
＃＃＃１．４．標準化された語彙 (12 ボード)
| 表 | 説明 |
|---|---|
concept | 中央テーブル — 1,000 万を超える概念が含まれています。 |
vocabulary | 語彙ソースのリスト (SNOMED、ICD-10...) |
domain | ドメイン (状態、薬剤、処置...) |
concept_class | 概念分類 (臨床所見、成分...) |
concept_relationship | 概念間の関係 |
relationship | 関係タイプの定義 |
concept_synonym | コンセプトの別名 |
concept_ancestor | 概念の階層的系譜 |
source_to_concept_map | ソースコード→標準コンセプトのマッピング |
drug_strength | 薬物含有量と濃度 |
cohort | 基準別の患者リスト |
cohort_definition | コホート基準の定義 |
＃＃＃１．５。派生要素 (3 つのテーブル)
| 表 | 説明 |
|---|---|
drug_era | 薬物曝露を成分ごとにグループ化 |
dose_era | 薬を安定用量で使用する段階 |
condition_era | 継続的な条件を時代に結合する |
＃＃＃１．６．メタデータ (2 テーブル)
| 表 | 説明 |
|---|---|
cdm_source | データ ソース情報、CDM バージョン |
metadata | オプションの追加メタデータ |
2. 中心となる設計原則
＃＃＃２．１．パーソンセントリック（患者中心）
すべての臨床テーブルは、キーを介して PERSON にリンクされています。 person_id:
┌─────────────────────┐
│ PERSON │
│ person_id (PK) │
│ gender_concept_id │
│ year_of_birth │
└──────────┬──────────┘
│
┌───────────────────────┼───────────────────────┐
│ │ │
┌──────────┴──────────┐ ┌────────┴────────┐ ┌──────────┴──────────┐
│ OBSERVATION_PERIOD │ │ VISIT_OCCURRENCE │ │ CONDITION_OCCURRENCE│
│ person_id (FK) │ │ person_id (FK) │ │ person_id (FK) │
└─────────────────────┘ └──────┬──────────┘ └────────────────────┘
│
┌────────────────────┼────────────────────┐
│ │ │
┌──────────┴──────┐ ┌────────┴────────┐ ┌────────┴────────┐
│ DRUG_EXPOSURE │ │ PROCEDURE_OCC. │ │ MEASUREMENT │
│ person_id (FK) │ │ person_id (FK) │ │ person_id (FK) │
│ visit_occ_id(FK) │ │ visit_occ_id(FK)│ │ visit_occ_id(FK)│
└─────────────────┘ └────────────────┘ └────────────────┘
ルール: データラインを接続できない場合 person_id、臨床表には含まれていません。
＃＃＃２．２．イベントベース
各医療イベントは、対応するテーブルに個別のレコードを作成します。
Ngày 10/06: Khám ngoại trú → 1 record trong VISIT_OCCURRENCE
├── Chẩn đoán tiểu đường → 1 record trong CONDITION_OCCURRENCE
├── Chẩn đoán tăng HA → 1 record trong CONDITION_OCCURRENCE
├── Kê Metformin 500mg → 1 record trong DRUG_EXPOSURE
├── Kê Amlodipine 5mg → 1 record trong DRUG_EXPOSURE
├── XN HbA1c = 7.8% → 1 record trong MEASUREMENT
└── XN Creatinine = 1.1 → 1 record trong MEASUREMENT
＃＃＃２．３．コンセプト主導 (標準コンセプトに基づく)
各臨床値は、標準化された語彙の concept_id でエンコードされます。
Cột trong bảng CDM Concept Vocabulary
─────────────────────────────────────────────────────────────────────
gender_concept_id = 8532 → "Female" [Gender]
condition_concept_id = 201826 → "Type 2 diabetes mellitus" [SNOMED CT]
drug_concept_id = 1503297 → "Metformin 500 MG Oral Tab" [RxNorm]
measurement_concept_id = 3004410 → "Hemoglobin A1c" [LOINC]
unit_concept_id = 8554 → "percent (%)" [UCUM]
＃＃＃２．４． Source Value Preservation (元の値を保持)
OMOP CDM は、標準の概念に加えて 常に元の値を保持します。
-- Ví dụ: Bảng CONDITION_OCCURRENCE
condition_concept_id = 201826 -- Standard Concept (SNOMED)
condition_source_value = 'E11' -- Mã gốc ICD-10 từ HIS
condition_source_concept_id = 443238 -- Concept ID của ICD-10 'E11'
各概念フィールドの 3 列モデル:
| コラム | 説明 | 必須 |
|---|---|---|
*_concept_id | 標準コンセプト ID (SNOMED、RxNorm...) | ✅ |
*_source_value | テキストとしての元の値 | いいえ |
*_source_concept_id | 元のコンセプト ID (語彙に存在する場合) | いいえ |
＃＃＃２．５。ドメインベースのルーティング
各概念は ドメインに属し、ドメインによってレコードがどの テーブルに含まれるかが決定されます。
Concept "Type 2 diabetes"
→ Domain = "Condition"
→ Lưu vào CONDITION_OCCURRENCE
Concept "Metformin 500mg"
→ Domain = "Drug"
→ Lưu vào DRUG_EXPOSURE
Concept "Hemoglobin A1c"
→ Domain = "Measurement"
→ Lưu vào MEASUREMENT
Concept "Smoking status"
→ Domain = "Observation"
→ Lưu vào OBSERVATION
重要な注意: ソース コードがあるドメインにあるのに、標準コンセプトが別のドメインにある場合があります。例: ICD-10 コード
Z87.891(ニコチン依存症の歴史) 条件に属しますが、標準概念を観察領域にマップ → テーブルに保存OBSERVATION、そうではありませんCONDITION_OCCURRENCE。
3. 一般的な実体関係図
┌──────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ HEALTH SYSTEM │
│ │
│ ┌──────────┐ ┌──────────────┐ ┌──────────────┐ │
│ │ LOCATION │←───│ CARE_SITE │───→│ PROVIDER │ │
│ │ │ │ │ │ │ │
│ └────┬─────┘ └──────────────┘ └──────┬───────┘ │
│ │ │ │
└───────┼──────────────────────────────────────┼──────────────────────────┘
│ │
↓ ↓
┌─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ CLINICAL DATA │
│ │
│ ┌───────────┐ ┌───────────────────┐ │
│ │ PERSON │←──────│ OBSERVATION_PERIOD│ │
│ │ │ └───────────────────┘ │
│ └─────┬─────┘ │
│ │ │
│ ├──→ VISIT_OCCURRENCE ──→ VISIT_DETAIL │
│ │ │ │
│ │ ├──→ CONDITION_OCCURRENCE │
│ │ ├──→ DRUG_EXPOSURE │
│ │ ├──→ PROCEDURE_OCCURRENCE │
│ │ ├──→ MEASUREMENT │
│ │ ├──→ OBSERVATION │
│ │ ├──→ DEVICE_EXPOSURE │
│ │ ├──→ NOTE ──→ NOTE_NLP │
│ │ └──→ SPECIMEN │
│ │ │
│ ├──→ DEATH │
│ ├──→ EPISODE ──→ EPISODE_EVENT │
│ └──→ FACT_RELATIONSHIP │
│ │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
│
↓
┌─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ HEALTH ECONOMICS │
│ PAYER_PLAN_PERIOD ←── PERSON │
│ COST ←── (bất kỳ clinical event nào) │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
┌─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ DERIVED ELEMENTS │
│ DRUG_ERA, DOSE_ERA, CONDITION_ERA ←── tính toán từ clinical data │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
┌─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ STANDARDIZED VOCABULARIES │
│ CONCEPT ←→ CONCEPT_RELATIONSHIP ←→ CONCEPT_ANCESTOR │
│ VOCABULARY, DOMAIN, CONCEPT_CLASS, RELATIONSHIP │
│ SOURCE_TO_CONCEPT_MAP, DRUG_STRENGTH, CONCEPT_SYNONYM │
│ COHORT, COHORT_DEFINITION │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
┌─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ METADATA: CDM_SOURCE, METADATA │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
4. CDM 5.4 の重要な規約
＃＃＃４．１．共通フィールド
ほとんどの臨床テーブルには次のフィールドがあります。
| 学校 | タイプ | 説明 |
|---|---|---|
*_id (PK) | 整数 | 主キー、一意 |
person_id (FK) | 整数 | 人物へのリンク |
*_concept_id | 整数 | 標準コンセプト ID |
*_date | 日付 | イベント日 |
*_datetime | 日時 | イベントの日付と時刻 (ある場合) |
*_type_concept_id | 整数 | データの出所 (EHR、クレーム、自己申告...) |
*_source_value | VARCHAR(50) | ソース システムからの元の値 |
*_source_concept_id | 整数 | オリジナルIDコンセプト |
visit_occurrence_id (FK) | 整数 | VISIT_OCCURRENCE へのリンク |
provider_id (FK) | 整数 | 医師・スタッフ |
＃＃＃４．２．コンセプト ID の規則
| 値 | 意味 |
|---|---|
0 | マッピングできません (一致するコンセプトがありません) |
> 0 | コンセプトは CONCEPT |
NULL | 該当なし、または情報がありません |
＃＃＃４．３．日付/日時の規則
*_date(DATE): 必須 — イベントの日付*_datetime(DATETIME): オプション — 時間がない場合は、設定します*_datetime = *_date + 00:00:00- 終了日: イベントが 1 日の場合、
end_date = start_date
＃＃＃４．４．タイプコンセプトの規則
*_type_concept_id レコードの起源を示します:
| タイプコンセプト ID | 意味 |
|---|---|
| 32817 | EHR (電子医療記録) |
| 32810 | 請求（保険） |
| 32856 | ラボテスト (テスト) |
| 32883 | アンケート（アンケート） |
| 32865 | 患者の自己申告 |
5. CDM 5.4 — 5.3 と比較した新しい点
| 変更 | 詳細 |
|---|---|
| エピソード表 | 病気のエピソードを記録します (例: がん治療ライン 1、2、3) |
| EPISODE_EVENT テーブル | 臨床事象とエピソードを関連付ける |
| measurement_event_id | 測定を元のイベントにリンクできるようにします (例: どの標本からの測定)。 |
| observation_event_id | 観察も同様 |
| production_id (DEVICE_EXPOSURE) | 固有のデバイス識別子 (UDI) |
| 数量 (DEVICE_EXPOSURE) | デバイスの数 |
6. どこから始めればよいでしょうか?
このシリーズを読むためのロードマップ:
Bài 1-3: Nền tảng (bạn đang ở đây)
↓
Bài 4-6: PERSON → OBSERVATION_PERIOD → VISIT
↓ (xây nền móng)
Bài 7-10: CONDITION → DRUG → PROCEDURE → MEASUREMENT
↓ (sự kiện lâm sàng chính)
Bài 11-13: OBSERVATION → DEVICE/NOTE/SPECIMEN → DEATH/EPISODE
↓ (bảng mở rộng)
Bài 14-16: Vocabulary system
↓ (hiểu concept sâu hơn)
Bài 17-19: Health System, Economics, Era tables
↓ (hạ tầng & tổng hợp)
Bài 20: Tổng kết & bước tiếp theo
概要
この記事では、次のことを学びました。
- OMOP CDM 5.4 の 37 テーブル、6 つのグループに分割
- 5 つの設計原則: 個人中心、イベントベース、コンセプト主導、ソース保存、ドメイン ルーティング
- 一般的な ER 図 — パネルがどのように相互接続されているか
- 共通規則 — 共通フィールド、概念 ID ルール、日付/日時、型概念
- 新しい CDM 5.4 — EPISODE、イベントリンケージ、デバイストラッキング
次の記事: OMOP CDM の中心である コンセプト について、標準とソースのコンセプト、ドメイン、語彙、および Athena の調べ方について詳しく説明します。