Giới thiệu
Ở bài trước, bạn đã hiểu tại sao cần OMOP CDM. Bài này sẽ trả lời câu hỏi: CDM 5.4 trông như thế nào? — 37 bảng được tổ chức ra sao, thuộc nhóm nào, và theo nguyên lý thiết kế gì.
Bạn sẽ có cái nhìn "bird's-eye view" toàn bộ CDM trước khi đi sâu vào từng bảng ở các bài tiếp theo.
1. Tổng quan 6 nhóm bảng
OMOP CDM 5.4 gồm 37 bảng được chia thành 6 nhóm (groups):
┌─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ OMOP CDM 5.4 — 37 Tables │
│ │
│ ┌─────────────────────────────────────────────────────────────────┐ │
│ │ 1. CLINICAL DATA (16 bảng) │ │
│ │ person, observation_period, visit_occurrence, visit_detail, │ │
│ │ condition_occurrence, drug_exposure, procedure_occurrence, │ │
│ │ device_exposure, measurement, observation, death, note, │ │
│ │ note_nlp, specimen, fact_relationship, episode, episode_event │ │
│ └─────────────────────────────────────────────────────────────────┘ │
│ │
│ ┌──────────────────────────┐ ┌──────────────────────────────────┐ │
│ │ 2. HEALTH SYSTEM (3) │ │ 3. HEALTH ECONOMICS (2) │ │
│ │ location, care_site, │ │ payer_plan_period, cost │ │
│ │ provider │ │ │ │
│ └──────────────────────────┘ └──────────────────────────────────┘ │
│ │
│ ┌──────────────────────────────────────────────────────────────────┐ │
│ │ 4. STANDARDIZED VOCABULARIES (12 bảng) │ │
│ │ concept, vocabulary, domain, concept_class, concept_relationship,│ │
│ │ relationship, concept_synonym, concept_ancestor, │ │
│ │ source_to_concept_map, drug_strength, cohort, cohort_definition │ │
│ └──────────────────────────────────────────────────────────────────┘ │
│ │
│ ┌─────────────────────────┐ ┌───────────────────────────────────┐ │
│ │ 5. DERIVED ELEMENTS (3) │ │ 6. METADATA (2) │ │
│ │ drug_era, dose_era, │ │ cdm_source, metadata │ │
│ │ condition_era │ │ │ │
│ └─────────────────────────┘ └───────────────────────────────────┘ │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
1.1. Clinical Data Tables (16 bảng)
Đây là nhóm lớn nhất và quan trọng nhất — chứa toàn bộ dữ liệu lâm sàng.
| Bảng | Mô tả ngắn | Bài học |
|---|---|---|
person | Thông tin nhân khẩu bệnh nhân | Bài 4 |
observation_period | Khoảng thời gian theo dõi | Bài 5 |
visit_occurrence | Lượt khám/nhập viện | Bài 6 |
visit_detail | Chi tiết trong một visit | Bài 6 |
condition_occurrence | Chẩn đoán, bệnh lý | Bài 7 |
drug_exposure | Thuốc, kê đơn, vaccine | Bài 8 |
procedure_occurrence | Thủ thuật, phẫu thuật | Bài 9 |
measurement | Xét nghiệm, sinh hiệu | Bài 10 |
observation | Quan sát lâm sàng, tiền sử | Bài 11 |
device_exposure | Thiết bị y tế | Bài 12 |
specimen | Mẫu bệnh phẩm | Bài 12 |
note | Ghi chú văn bản | Bài 12 |
note_nlp | Kết quả NLP từ note | Bài 12 |
death | Thông tin tử vong | Bài 13 |
episode | Giai đoạn bệnh (mới CDM 5.4) | Bài 13 |
episode_event | Liên kết events-episodes (mới CDM 5.4) | Bài 13 |
1.2. Health System Data Tables (3 bảng)
| Bảng | Mô tả |
|---|---|
location | Địa điểm (địa chỉ, tọa độ) |
care_site | Tổ chức y tế (bệnh viện, phòng khám) |
provider | Nhân viên y tế (bác sĩ, y tá) |
1.3. Health Economics Data Tables (2 bảng)
| Bảng | Mô tả |
|---|---|
payer_plan_period | Thông tin bảo hiểm y tế theo thời gian |
cost | Chi phí gắn với mọi sự kiện lâm sàng |
1.4. Standardized Vocabularies (12 bảng)
| Bảng | Mô tả |
|---|---|
concept | Bảng trung tâm — chứa >10 triệu concepts |
vocabulary | Danh sách vocabulary sources (SNOMED, ICD-10...) |
domain | Các domain (Condition, Drug, Procedure...) |
concept_class | Phân loại concept (Clinical Finding, Ingredient...) |
concept_relationship | Mối quan hệ giữa concepts |
relationship | Định nghĩa các loại relationship |
concept_synonym | Tên gọi khác của concept |
concept_ancestor | Phả hệ hierarchical của concept |
source_to_concept_map | Mapping mã nguồn → concept chuẩn |
drug_strength | Hàm lượng, nồng độ thuốc |
cohort | Danh sách bệnh nhân theo tiêu chí |
cohort_definition | Định nghĩa tiêu chí cohort |
1.5. Derived Elements (3 bảng)
| Bảng | Mô tả |
|---|---|
drug_era | Gộp drug exposures liên tục theo ingredient |
dose_era | Giai đoạn dùng thuốc ở liều ổn định |
condition_era | Gộp conditions liên tục thành era |
1.6. Metadata (2 bảng)
| Bảng | Mô tả |
|---|---|
cdm_source | Thông tin nguồn dữ liệu, phiên bản CDM |
metadata | Metadata bổ sung tùy ý |
2. Nguyên lý thiết kế cốt lõi
2.1. Person-Centric (Lấy bệnh nhân làm trung tâm)
Mọi bảng clinical đều liên kết ngược về PERSON qua khóa person_id:
┌─────────────────────┐
│ PERSON │
│ person_id (PK) │
│ gender_concept_id │
│ year_of_birth │
└──────────┬──────────┘
│
┌───────────────────────┼───────────────────────┐
│ │ │
┌──────────┴──────────┐ ┌────────┴────────┐ ┌──────────┴──────────┐
│ OBSERVATION_PERIOD │ │ VISIT_OCCURRENCE │ │ CONDITION_OCCURRENCE│
│ person_id (FK) │ │ person_id (FK) │ │ person_id (FK) │
└─────────────────────┘ └──────┬──────────┘ └────────────────────┘
│
┌────────────────────┼────────────────────┐
│ │ │
┌──────────┴──────┐ ┌────────┴────────┐ ┌────────┴────────┐
│ DRUG_EXPOSURE │ │ PROCEDURE_OCC. │ │ MEASUREMENT │
│ person_id (FK) │ │ person_id (FK) │ │ person_id (FK) │
│ visit_occ_id(FK) │ │ visit_occ_id(FK)│ │ visit_occ_id(FK)│
└─────────────────┘ └────────────────┘ └────────────────┘
Quy tắc: Nếu một dòng dữ liệu không gắn được với person_id, nó không nằm trong các bảng clinical.
2.2. Event-Based (Dựa trên sự kiện)
Mỗi sự kiện y tế tạo một bản ghi riêng trong bảng tương ứng:
Ngày 10/06: Khám ngoại trú → 1 record trong VISIT_OCCURRENCE
├── Chẩn đoán tiểu đường → 1 record trong CONDITION_OCCURRENCE
├── Chẩn đoán tăng HA → 1 record trong CONDITION_OCCURRENCE
├── Kê Metformin 500mg → 1 record trong DRUG_EXPOSURE
├── Kê Amlodipine 5mg → 1 record trong DRUG_EXPOSURE
├── XN HbA1c = 7.8% → 1 record trong MEASUREMENT
└── XN Creatinine = 1.1 → 1 record trong MEASUREMENT
2.3. Concept-Driven (Dựa trên khái niệm chuẩn)
Mỗi giá trị lâm sàng được mã hóa bằng concept_id từ Standardized Vocabularies:
Cột trong bảng CDM Concept Vocabulary
─────────────────────────────────────────────────────────────────────
gender_concept_id = 8532 → "Female" [Gender]
condition_concept_id = 201826 → "Type 2 diabetes mellitus" [SNOMED CT]
drug_concept_id = 1503297 → "Metformin 500 MG Oral Tab" [RxNorm]
measurement_concept_id = 3004410 → "Hemoglobin A1c" [LOINC]
unit_concept_id = 8554 → "percent (%)" [UCUM]
2.4. Source Value Preservation (Bảo toàn giá trị gốc)
OMOP CDM luôn giữ lại giá trị gốc bên cạnh concept chuẩn:
-- Ví dụ: Bảng CONDITION_OCCURRENCE
condition_concept_id = 201826 -- Standard Concept (SNOMED)
condition_source_value = 'E11' -- Mã gốc ICD-10 từ HIS
condition_source_concept_id = 443238 -- Concept ID của ICD-10 'E11'
Mô hình 3 cột cho mỗi trường concept:
| Cột | Mô tả | Bắt buộc |
|---|---|---|
*_concept_id | Standard Concept ID (SNOMED, RxNorm...) | ✅ |
*_source_value | Giá trị gốc dạng text | Không |
*_source_concept_id | Concept ID gốc (nếu có trong vocabulary) | Không |
2.5. Domain-Based Routing (Định tuyến theo miền)
Mỗi concept thuộc một Domain — và Domain quyết định bản ghi nằm ở bảng nào:
Concept "Type 2 diabetes"
→ Domain = "Condition"
→ Lưu vào CONDITION_OCCURRENCE
Concept "Metformin 500mg"
→ Domain = "Drug"
→ Lưu vào DRUG_EXPOSURE
Concept "Hemoglobin A1c"
→ Domain = "Measurement"
→ Lưu vào MEASUREMENT
Concept "Smoking status"
→ Domain = "Observation"
→ Lưu vào OBSERVATION
Lưu ý quan trọng: Đôi khi mã nguồn ở domain này nhưng Standard Concept ở domain khác. Ví dụ: ICD-10 mã
Z87.891(History of nicotine dependence) thuộc Condition nhưng Standard Concept map sang Observation domain → lưu vào bảngOBSERVATION, không phảiCONDITION_OCCURRENCE.
3. Entity-Relationship Diagram tổng quát
┌──────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ HEALTH SYSTEM │
│ │
│ ┌──────────┐ ┌──────────────┐ ┌──────────────┐ │
│ │ LOCATION │←───│ CARE_SITE │───→│ PROVIDER │ │
│ │ │ │ │ │ │ │
│ └────┬─────┘ └──────────────┘ └──────┬───────┘ │
│ │ │ │
└───────┼──────────────────────────────────────┼──────────────────────────┘
│ │
↓ ↓
┌─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ CLINICAL DATA │
│ │
│ ┌───────────┐ ┌───────────────────┐ │
│ │ PERSON │←──────│ OBSERVATION_PERIOD│ │
│ │ │ └───────────────────┘ │
│ └─────┬─────┘ │
│ │ │
│ ├──→ VISIT_OCCURRENCE ──→ VISIT_DETAIL │
│ │ │ │
│ │ ├──→ CONDITION_OCCURRENCE │
│ │ ├──→ DRUG_EXPOSURE │
│ │ ├──→ PROCEDURE_OCCURRENCE │
│ │ ├──→ MEASUREMENT │
│ │ ├──→ OBSERVATION │
│ │ ├──→ DEVICE_EXPOSURE │
│ │ ├──→ NOTE ──→ NOTE_NLP │
│ │ └──→ SPECIMEN │
│ │ │
│ ├──→ DEATH │
│ ├──→ EPISODE ──→ EPISODE_EVENT │
│ └──→ FACT_RELATIONSHIP │
│ │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
│
↓
┌─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ HEALTH ECONOMICS │
│ PAYER_PLAN_PERIOD ←── PERSON │
│ COST ←── (bất kỳ clinical event nào) │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
┌─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ DERIVED ELEMENTS │
│ DRUG_ERA, DOSE_ERA, CONDITION_ERA ←── tính toán từ clinical data │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
┌─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ STANDARDIZED VOCABULARIES │
│ CONCEPT ←→ CONCEPT_RELATIONSHIP ←→ CONCEPT_ANCESTOR │
│ VOCABULARY, DOMAIN, CONCEPT_CLASS, RELATIONSHIP │
│ SOURCE_TO_CONCEPT_MAP, DRUG_STRENGTH, CONCEPT_SYNONYM │
│ COHORT, COHORT_DEFINITION │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
┌─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ METADATA: CDM_SOURCE, METADATA │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
4. Conventions quan trọng trong CDM 5.4
4.1. Các trường chung (Common Fields)
Hầu hết bảng clinical đều có các trường sau:
| Trường | Kiểu | Mô tả |
|---|---|---|
*_id (PK) | INTEGER | Khóa chính, unique |
person_id (FK) | INTEGER | Liên kết đến PERSON |
*_concept_id | INTEGER | Standard Concept ID |
*_date | DATE | Ngày sự kiện |
*_datetime | DATETIME | Ngày giờ sự kiện (nếu có) |
*_type_concept_id | INTEGER | Nguồn gốc dữ liệu (EHR, claim, self-reported...) |
*_source_value | VARCHAR(50) | Giá trị gốc từ hệ thống nguồn |
*_source_concept_id | INTEGER | Concept ID gốc |
visit_occurrence_id (FK) | INTEGER | Liên kết đến VISIT_OCCURRENCE |
provider_id (FK) | INTEGER | Bác sĩ/nhân viên |
4.2. Quy ước về Concept ID
| Giá trị | Ý nghĩa |
|---|---|
0 | Không map được (No matching concept) |
> 0 | Concept hợp lệ trong bảng CONCEPT |
NULL | Không áp dụng hoặc không có thông tin |
4.3. Quy ước về Date/Datetime
*_date(DATE): Bắt buộc — ngày xảy ra sự kiện*_datetime(DATETIME): Tùy chọn — nếu không có giờ, đặt*_datetime = *_date + 00:00:00- Ngày kết thúc: nếu sự kiện 1 ngày,
end_date = start_date
4.4. Quy ước về Type Concept
*_type_concept_id cho biết nguồn gốc của bản ghi:
| type_concept_id | Ý nghĩa |
|---|---|
| 32817 | EHR (Electronic Health Record) |
| 32810 | Claim (Bảo hiểm) |
| 32856 | Lab test (Xét nghiệm) |
| 32883 | Survey (Khảo sát) |
| 32865 | Patient self-report |
5. CDM 5.4 — Điểm mới so với 5.3
| Thay đổi | Chi tiết |
|---|---|
| Bảng EPISODE | Ghi nhận disease episodes (VD: cancer treatment line 1, 2, 3) |
| Bảng EPISODE_EVENT | Liên kết clinical events với episodes |
| measurement_event_id | Cho phép Measurement liên kết đến event gốc (VD: Measurement từ Specimen nào) |
| observation_event_id | Tương tự cho Observation |
| production_id (DEVICE_EXPOSURE) | Unique Device Identifier (UDI) |
| quantity (DEVICE_EXPOSURE) | Số lượng thiết bị |
6. Bắt đầu từ đâu?
Lộ trình đọc series này:
Bài 1-3: Nền tảng (bạn đang ở đây)
↓
Bài 4-6: PERSON → OBSERVATION_PERIOD → VISIT
↓ (xây nền móng)
Bài 7-10: CONDITION → DRUG → PROCEDURE → MEASUREMENT
↓ (sự kiện lâm sàng chính)
Bài 11-13: OBSERVATION → DEVICE/NOTE/SPECIMEN → DEATH/EPISODE
↓ (bảng mở rộng)
Bài 14-16: Vocabulary system
↓ (hiểu concept sâu hơn)
Bài 17-19: Health System, Economics, Era tables
↓ (hạ tầng & tổng hợp)
Bài 20: Tổng kết & bước tiếp theo
Tổng kết
Trong bài này, bạn đã nắm được:
- 37 bảng trong OMOP CDM 5.4, chia thành 6 nhóm
- 5 nguyên lý thiết kế: Person-centric, Event-based, Concept-driven, Source preservation, Domain routing
- ER Diagram tổng quát — cách các bảng liên kết với nhau
- Conventions chung — common fields, concept ID rules, date/datetime, type concepts
- Điểm mới CDM 5.4 — EPISODE, event linkage, device tracking
Bài tiếp theo: Chúng ta sẽ đi sâu vào Concept — trái tim của OMOP CDM — hiểu Standard vs Source Concept, Domain, Vocabulary, và cách tra cứu trên Athena.