簡介
在上一篇文章中，您了解了為什麼需要 OMOP CDM。本文將回答以下問題：**CDM 5.4 是什麼樣子？ ** — 37 個表是如何組織的、按什麼組以及根據什麼設計原則組織的。
在深入研究下一篇文章中的每個表格之前，您將對整個 CDM 有一個「鳥瞰圖」。
1. 6個表組概述
OMOP CDM 5.4 包括 37 個表格，分為 6 組（組）：
┌─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ OMOP CDM 5.4 — 37 Tables │
│ │
│ ┌─────────────────────────────────────────────────────────────────┐ │
│ │ 1. CLINICAL DATA (16 bảng) │ │
│ │ person, observation_period, visit_occurrence, visit_detail, │ │
│ │ condition_occurrence, drug_exposure, procedure_occurrence, │ │
│ │ device_exposure, measurement, observation, death, note, │ │
│ │ note_nlp, specimen, fact_relationship, episode, episode_event │ │
│ └─────────────────────────────────────────────────────────────────┘ │
│ │
│ ┌──────────────────────────┐ ┌──────────────────────────────────┐ │
│ │ 2. HEALTH SYSTEM (3) │ │ 3. HEALTH ECONOMICS (2) │ │
│ │ location, care_site, │ │ payer_plan_period, cost │ │
│ │ provider │ │ │ │
│ └──────────────────────────┘ └──────────────────────────────────┘ │
│ │
│ ┌──────────────────────────────────────────────────────────────────┐ │
│ │ 4. STANDARDIZED VOCABULARIES (12 bảng) │ │
│ │ concept, vocabulary, domain, concept_class, concept_relationship,│ │
│ │ relationship, concept_synonym, concept_ancestor, │ │
│ │ source_to_concept_map, drug_strength, cohort, cohort_definition │ │
│ └──────────────────────────────────────────────────────────────────┘ │
│ │
│ ┌─────────────────────────┐ ┌───────────────────────────────────┐ │
│ │ 5. DERIVED ELEMENTS (3) │ │ 6. METADATA (2) │ │
│ │ drug_era, dose_era, │ │ cdm_source, metadata │ │
│ │ condition_era │ │ │ │
│ └─────────────────────────┘ └───────────────────────────────────┘ │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
1.1。臨床數據表（16表）
這是最大和最重要的組 - 包含所有臨床數據。
| 表 | 簡短描述 | 課程 |
|---|---|---|
person | 病患人口統計資料 | 第 4 課 |
observation_period | 追蹤間隔 | 第 5 課 |
visit_occurrence | 就診/住院 | 第 6 課 |
visit_detail | 詳細參觀 | 第 6 課 |
condition_occurrence | 診斷、病理 | 第 7 課 |
drug_exposure | 藥品、處方、疫苗 | 第 8 課 |
procedure_occurrence | 程序，手術 | 第 9 課 |
measurement | 測驗、生命徵象 | 第 10 課 |
observation | 臨床觀察、病史 | 第 11 課 |
device_exposure | 醫療器材 | 第 12 課 |
specimen | 病人樣本 | 第 12 課 |
note | 文字註釋 | 第 12 課 |
note_nlp | NLP 結果來自筆記 | 第 12 課 |
death | 死亡訊息 | 第 13 課 |
episode | 疾病階段（新 CDM 5.4） | 第 13 課 |
episode_event | 連結事件-情節（新 CDM 5.4） | 第 13 課 |
1.2。衛生系統資料表（3表）
| 表 | 描述 |
|---|---|
location | 位置（位址、座標） |
care_site | 醫療機構（醫院、診所） |
provider | 醫護人員（醫生、護士） |
1.3。衛生經濟學資料表（2表）
| 表 | 描述 |
|---|---|
payer_plan_period | 一段時間內的健康保險資訊 |
cost | 與每個臨床事件相關的成本 |
1.4。標準化詞彙（12板）
| 表 | 描述 |
|---|---|
concept | 中央表 — 包含 >1000 萬個概念 |
vocabulary | 詞彙來源列表（SNOMED、ICD-10...） |
domain | 領域（病情、藥物、程序...） |
concept_class | 概念分類（臨床發現、成分...） |
concept_relationship | 概念之間的關係 |
relationship | 關係類型的定義 |
concept_synonym | 概念的另一個名稱 |
concept_ancestor | 概念的層次譜系 |
source_to_concept_map | 映射原始碼→標準概念 |
drug_strength | 藥物含量及濃度 |
cohort | 根據標準的病人名單 |
cohort_definition | 隊列標準的定義 |
1.5。派生元素（3 個表）
| 表 | 描述 |
|---|---|
drug_era | 依成分順序將藥物暴露分組 |
dose_era | 以穩定劑量使用藥物的階段 |
condition_era | 將連續條件組合成時代 |
1.6。元資料（2 個表）
| 表 | 描述 |
|---|---|
cdm_source | 資料來源信息，CDM版本 |
metadata | 可選的附加元資料 |
2. 核心設計原則
2.1。以人為本（以病人為中心）
所有臨床表都透過密鑰連結回人員 person_id：
┌─────────────────────┐
│ PERSON │
│ person_id (PK) │
│ gender_concept_id │
│ year_of_birth │
└──────────┬──────────┘
│
┌───────────────────────┼───────────────────────┐
│ │ │
┌──────────┴──────────┐ ┌────────┴────────┐ ┌──────────┴──────────┐
│ OBSERVATION_PERIOD │ │ VISIT_OCCURRENCE │ │ CONDITION_OCCURRENCE│
│ person_id (FK) │ │ person_id (FK) │ │ person_id (FK) │
└─────────────────────┘ └──────┬──────────┘ └────────────────────┘
│
┌────────────────────┼────────────────────┐
│ │ │
┌──────────┴──────┐ ┌────────┴────────┐ ┌────────┴────────┐
│ DRUG_EXPOSURE │ │ PROCEDURE_OCC. │ │ MEASUREMENT │
│ person_id (FK) │ │ person_id (FK) │ │ person_id (FK) │
│ visit_occ_id(FK) │ │ visit_occ_id(FK)│ │ visit_occ_id(FK)│
└─────────────────┘ └────────────────┘ └────────────────┘
規則： 若無法連接資料線 person_id，它不包含在臨床表中。
2.2。基於事件
每個醫療事件都會在相應的表中建立單獨的記錄：
Ngày 10/06: Khám ngoại trú → 1 record trong VISIT_OCCURRENCE
├── Chẩn đoán tiểu đường → 1 record trong CONDITION_OCCURRENCE
├── Chẩn đoán tăng HA → 1 record trong CONDITION_OCCURRENCE
├── Kê Metformin 500mg → 1 record trong DRUG_EXPOSURE
├── Kê Amlodipine 5mg → 1 record trong DRUG_EXPOSURE
├── XN HbA1c = 7.8% → 1 record trong MEASUREMENT
└── XN Creatinine = 1.1 → 1 record trong MEASUREMENT
2.3。概念驅動（基於標準概念）
每個臨床值都使用標準化詞彙中的 Concept_id** 進行編碼：
Cột trong bảng CDM Concept Vocabulary
─────────────────────────────────────────────────────────────────────
gender_concept_id = 8532 → "Female" [Gender]
condition_concept_id = 201826 → "Type 2 diabetes mellitus" [SNOMED CT]
drug_concept_id = 1503297 → "Metformin 500 MG Oral Tab" [RxNorm]
measurement_concept_id = 3004410 → "Hemoglobin A1c" [LOINC]
unit_concept_id = 8554 → "percent (%)" [UCUM]
2.4。來源值保留（保留原始值）
除了標準概念之外，OMOP CDM 始終保留原始值：
-- Ví dụ: Bảng CONDITION_OCCURRENCE
condition_concept_id = 201826 -- Standard Concept (SNOMED)
condition_source_value = 'E11' -- Mã gốc ICD-10 từ HIS
condition_source_concept_id = 443238 -- Concept ID của ICD-10 'E11'
每個概念欄位的 3 列模型：
| 專欄 | 說明 | 必填 |
|---|---|---|
*_concept_id | 標準概念ID（SNOMED、RxNorm...） | ✅ |
*_source_value | 原始值作為文字 | 沒有 |
*_source_concept_id | 原始概念 ID（如果出現在詞彙表中） | 沒有 |
2.5。基於域的路由
每個概念都屬於一個域，域決定記錄位於哪個表：
Concept "Type 2 diabetes"
→ Domain = "Condition"
→ Lưu vào CONDITION_OCCURRENCE
Concept "Metformin 500mg"
→ Domain = "Drug"
→ Lưu vào DRUG_EXPOSURE
Concept "Hemoglobin A1c"
→ Domain = "Measurement"
→ Lưu vào MEASUREMENT
Concept "Smoking status"
→ Domain = "Observation"
→ Lưu vào OBSERVATION
重要說明： 有時原始碼位於一個域中，但標準概念位於另一個域中。例如：ICD-10 代碼
Z87.891（尼古丁依賴史）屬於條件但標準概念圖到觀察域→保存到表OBSERVATION，這不是CONDITION_OCCURRENCE。
3. 一般實體關係圖
┌──────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ HEALTH SYSTEM │
│ │
│ ┌──────────┐ ┌──────────────┐ ┌──────────────┐ │
│ │ LOCATION │←───│ CARE_SITE │───→│ PROVIDER │ │
│ │ │ │ │ │ │ │
│ └────┬─────┘ └──────────────┘ └──────┬───────┘ │
│ │ │ │
└───────┼──────────────────────────────────────┼──────────────────────────┘
│ │
↓ ↓
┌─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ CLINICAL DATA │
│ │
│ ┌───────────┐ ┌───────────────────┐ │
│ │ PERSON │←──────│ OBSERVATION_PERIOD│ │
│ │ │ └───────────────────┘ │
│ └─────┬─────┘ │
│ │ │
│ ├──→ VISIT_OCCURRENCE ──→ VISIT_DETAIL │
│ │ │ │
│ │ ├──→ CONDITION_OCCURRENCE │
│ │ ├──→ DRUG_EXPOSURE │
│ │ ├──→ PROCEDURE_OCCURRENCE │
│ │ ├──→ MEASUREMENT │
│ │ ├──→ OBSERVATION │
│ │ ├──→ DEVICE_EXPOSURE │
│ │ ├──→ NOTE ──→ NOTE_NLP │
│ │ └──→ SPECIMEN │
│ │ │
│ ├──→ DEATH │
│ ├──→ EPISODE ──→ EPISODE_EVENT │
│ └──→ FACT_RELATIONSHIP │
│ │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
│
↓
┌─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ HEALTH ECONOMICS │
│ PAYER_PLAN_PERIOD ←── PERSON │
│ COST ←── (bất kỳ clinical event nào) │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
┌─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ DERIVED ELEMENTS │
│ DRUG_ERA, DOSE_ERA, CONDITION_ERA ←── tính toán từ clinical data │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
┌─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ STANDARDIZED VOCABULARIES │
│ CONCEPT ←→ CONCEPT_RELATIONSHIP ←→ CONCEPT_ANCESTOR │
│ VOCABULARY, DOMAIN, CONCEPT_CLASS, RELATIONSHIP │
│ SOURCE_TO_CONCEPT_MAP, DRUG_STRENGTH, CONCEPT_SYNONYM │
│ COHORT, COHORT_DEFINITION │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
┌─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ METADATA: CDM_SOURCE, METADATA │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
4. CDM 5.4 中的重要約定
4.1。常見字段
大多數臨床表具有以下字段：
| 學校 | 類型 | 描述 |
|---|---|---|
*_id （PK） | 整數 | 主鍵，唯一 |
person_id (FK) | 整數 | 連結到人 |
*_concept_id | 整數 | 標準概念 ID |
*_date | 日期 | 活動日期 |
*_datetime | 日期時間 | 活動日期和時間（如果有） |
*_type_concept_id | 整數 | 資料來源（EHR、索賠、自我報告...） |
*_source_value | VARCHAR(50) | 來自來源系統的原始值 |
*_source_concept_id | 整數 | 原創ID概念 |
visit_occurrence_id (FK) | 整數 | 連結至 VISIT_OCCURRENCE |
provider_id (FK) | 整數 | 醫生/工作人員 |
4.2。概念ID約定
| 價值 | 意義 |
|---|---|
0 | 無法映射（沒有匹配的概念） |
> 0 | 概念在 CONCEPT |
NULL | 不適用或無可用資訊 |
4.3。日期/日期時間約定
*_date（日期）：必填 — 活動日期*_datetime（日期時間）：可選 — 如果沒有時間，請設定*_datetime = *_date + 00:00:00- 結束日期：如果活動為 1 天，
end_date = start_date
4.4。類型概念約定
*_type_concept_id 指示記錄的來源：
| 型別概念 ID | 意義 |
|---|---|
| 32817 | 32817 EHR（電子健康紀錄） |
| 32810 | 索賠（保險） |
| 32856 | 實驗室測試（測試） |
| 32883 | 調查（調查） |
| 32865 | 32865患者自我報告 |
5. CDM 5.4 — 與 5.3 相比的新點
| 改 | 詳情 |
|---|---|
| 劇集表 | 記錄疾病發作（例如：癌症治療線 1、2、3） |
| EPISODE_EVENT 表 | 將臨床事件與發作相關聯 |
| 測量_事件_id | 允許測量連結到原始事件（例如：來自哪個樣本的測量） |
| 觀察_事件_id | 觀察也是如此 |
| 生產_id (DEVICE_EXPOSURE) | 唯一設備識別碼 (UDI) |
| 數量 (DEVICE_EXPOSURE) | 設備數量 |
6. 從哪裡開始？
閱讀本系列的路線圖：
Bài 1-3: Nền tảng (bạn đang ở đây)
↓
Bài 4-6: PERSON → OBSERVATION_PERIOD → VISIT
↓ (xây nền móng)
Bài 7-10: CONDITION → DRUG → PROCEDURE → MEASUREMENT
↓ (sự kiện lâm sàng chính)
Bài 11-13: OBSERVATION → DEVICE/NOTE/SPECIMEN → DEATH/EPISODE
↓ (bảng mở rộng)
Bài 14-16: Vocabulary system
↓ (hiểu concept sâu hơn)
Bài 17-19: Health System, Economics, Era tables
↓ (hạ tầng & tổng hợp)
Bài 20: Tổng kết & bước tiếp theo
總結
在本文中，您了解了：
- OMOP CDM 5.4 中有 37 個表格，分為 6 組
- 5個設計原則：以人為中心、基於事件、概念驅動、來源保存、網域路由
- 通用 ER 圖 — 面板如何互連
- 通用約定——通用欄位、概念ID規則、日期/日期時間、類型概念
- 新CDM 5.4 — EPISODE、事件聯動、設備跟踪
下一篇文章： 我們將深入探討 概念 — OMOP CDM 的核心 — 了解標準與源概念、領域、詞彙以及如何在 Athena 上查找。